换一批
换一批构建铜代谢相关基因的肾透明细胞癌预后模型
The prognosis model of copper metabolism-related genes was established to predict the survival of patients with renal clear cell carcinoma
摘要：
目的 构建基于铜代谢相关基因和临床病理学特征的新型肾透明细胞癌(ccRCC)预后模型.方法 2022年6月至2023年1月从基因集数据库(MSigDB)5.1版整理出铜代谢相关基因,应用癌症基因组图谱(TCGA)中ccRCC数据对获取的铜代谢相关基因进行生物信息学分析,得到32个铜代谢相关差异基因;用单因素比例风险回归(Cox)分析铜代谢基因,筛选出具有预后价值的60个铜代谢相关基因,两者取交集,得到14个关键基因,对其进行基因本体论(GO)分析、京都基因和基因组数据库(KEGG)通路分析及关联性分析.之后对关键基因进行套索回归分析(LASSO),结果显示有3个基因被纳入模型,计算公式为:风险分数=HAMP×0.205+TMPRSS6×0.097-CCND1×0.033.分别应用TCGA数据和基因表达综合数据库(GEO)中的ccRCC数据集GSE22541进行内部模型验证和外部模型验证;利用乘积极限法(Kaplan-Meier)生存曲线验证模型预后价值;利用受试者操作特征曲线(ROC曲线)下面积验证模型预测的准确性.结果 生存状态图表明,高风险组死亡病例数多于低风险组;ROC曲线表明风险评分模型具备较好的预测能力,曲线下面积(AUC)均大于0.6;Kaplan-Meier生存分析显示,高风险组总体生存率低于低风险组(P<0.05).结合临床病理学特征(年龄、肿瘤分级、肿瘤分期),构建诺莫(Nomogram)列线图,对病人预后具有较好的预测效果.结论 基于铜代谢相关基因的预后风险评分模型可用于ccRCC的预后预测,针对铜代谢相关基因设计靶点可能是治疗ccRCC的一种新选择.
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作者：
作者单位：
山西医科大学第一临床医学院,山西 太原030000
[1]
山西医科大学第一医院泌尿外科,山西 太原030000
[2]
期刊：
《安徽医药》2024年28卷9期 1801-1805页
ISTIC
关键词：
肾透明细胞癌铜代谢基因组癌症基因组图谱数据库基因表达综合数据库预后模型Renal clear cell carcinomaCopper metabolismGenomeTCGA databaseGene expression omnibusPrognostic model
栏目名称：
临床医学
DOI：
10.3969/j.issn.1009-6469.2024.09.023
发布时间：
2024-09-13
基金项目：
山西省工程重点创新团队建设计划
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