换一批
换一批胃癌预后标志物circRNA-miRNA-mRNA的ceRNA网络生物信息学分析
Bioinformatics Analysis of circRNA-miRNA-mRNA ceRNA Network for Prognosis in Gastric Cancer
摘要：
目的 构建胃癌(gastric cancer,GC)中与预后相关的circRNA-miRNA-mRNA竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)调控网络,探究诊治靶点.方法 从GEO、TCGA数据库中获得GC中差异表达的 circRNAs(circular RNA,circRNA)及相关 miRNAs(microRNA,miRNA)、mRNAs,利用Cytoscape构建circRNA-miRNA-mRNA ceRNA网络,关注差异表达mRNAs功能,确定枢纽基因,最终通过Kaplan-Meier生存分析确定其预后价值.结果 ceRNA网络由差异表达的 2 个circRNAs、5 个miRNAs和349 个mRNAs组成.功能富集分析提示差异mRNAs在"肌肉系统发育"、"金属离子跨膜转运蛋白活性"、"突触膜"和"钙信号通路"等方面和通路显著富集.构建了包含125个节点和165条边的PPI网络,并鉴定出10个枢纽基因,生存分析提示低ADAR1D或PTGFR表达可能导致GC患者预后不良.结论 成功构建了与GC预后相关的circRNA-miRNA-mRNA ceRNA调控网络,确定了hsa_circ_0001190/hsa-miR-7-5p/ADRA1D和hsa_circ_0036287/hsa-miR-3127-5p/PTGFR两个在GC中具有潜在预后价值的轴,为GC的靶向诊治与研究提供新的依据.
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作者：
期刊：
《医学分子生物学杂志》2024年21卷4期 366-373页
ISTIC
分类号：
R735.2
栏目名称：
论著
DOI：
10.3870/j.issn.1672-8009.2024.04.012
发布时间：
2024-07-19
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