基于转录组数据挖掘乳腺癌预后生物标志物
Mining breast cancer prognostic biomarkers based on transcriptomic data
目的 筛选肿瘤微环境(tumor microenvironment,TME)中预后相关免疫基因并解析其在乳腺癌中的预后价值.方法 获取癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)数据库1 086 例乳腺癌样本和145 例正常样本的转录组数据和临床信息,排除无随访资料或随访时间<1d的137 例样本后采用ESTIMATE算法计算免疫评分和基质评分;根据免疫评分和基质评分(高分组 vs.低分组)筛选差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs);通过DEGs构建蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein in-teraction,PPI)网络,探究乳腺癌DEGs中的核心基因;通过单基因批量生存分析,明确核心基因与乳腺癌患者总生存期的相关性;通过RT-qPCR实验对数据库分析结果进行mRNA水平验证.结果 与N0 期比较,N1 期的患者免疫评分降低;与Stage Ⅰ期比较,Stage Ⅱ期、Ⅲ期患者免疫评分降低.Kaplan-Meier结果显示,与免疫评分低分组比较,高分组患者总生存期延长.筛选出免疫评分(高分组 vs.低分组)相关的200 个DEGs.基因本体论(gene ontology,GO)分析和京都基因与基因组百科全书数据库(Kyoto en-cyclopedia of genes and genomes,KEGG)富集分析筛选出T细胞激活、激活免疫反应、MHC Ⅱ类蛋白复合物、T细胞受体信号通路等免疫相关通路.蛋白质互作(potein-protein interaction,PPI)分析找到Degree值排名前15 的核心(hub)基因,单基因批量生存分析从中筛选出 9 个与乳腺癌预后显著相关的基因.RT-qPCR实验结果显示,与恶性程度较低的乳腺癌细胞相比,上述9 个基因在恶性程度较高的三阴性乳腺癌细胞中表达水平下降.基因组富集分析(gene set enrichment analysis,GSEA)显示,免疫相关基因HLA-DRA的高表达水平与乳腺癌、雌激素信号通路显著相关.结论 乳腺癌肿瘤微环境中免疫评分高的患者总生存期显著延长.免疫相关基因HLA-DRA可能是预测乳腺癌患者预后的潜在生物标志物.
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