换一批
换一批2022年陕西省一起霍乱疫情调查及全基组溯源分析
Investigation and whole genome sequencing analysis of a cholera epidemic in Shaanxi,2022
摘要：
目的 对2022年陕西省城固县1起霍乱疫情调查溯源.方法 对病例进行个案调查,对现场环境进行卫生学调查,收集当地气温及降水资料.采集病例、同餐人员及同期腹泻患者粪便或肛拭子样本,采集剩余食品、环境水体、水产品样本,进行霍乱弧菌核酸检测及分离培养.对分离到的霍乱弧菌进行血清学和质谱鉴定,利用国家致病菌识别网药物敏感试验指南进行药敏试验,提取菌株DNA进行毒力基因检测,利用二代测序平台进行全基因组测序,用测序拼接数据进行毒力基因及耐药基因预测,与既往分离的霍乱弧菌、pubMLST下载的国内外霍乱弧菌基因组序列进行核心基因组多位点序列分析(cgMLST)及核心基因组单核苷酸多态性分析(cgSNP).结果 本起疫情从1例霍乱病例和1例带菌者中各分离到1株霍乱弧菌,均为O139群,携带ctxAB毒力基因,对磺胺类、碳青霉烯类、三代头孢菌素类、喹诺酮类、β-内酰胺类药物均敏感,而对氯霉素、多粘菌素类、四环素类、氨基糖苷类有抗药性;cgMLST分析结果显示,菌株为大流行菌克隆株序列型(ST)69型,与陕西省既往霍乱菌株无关联.同餐人员及同期腹泻病例共106人均未检出霍乱弧菌.水体样本96份,鱼类样本35份,环境样本7份,畜禽粪便样本7份.经霍乱弧菌核酸检测阳性2份,分别为文川河某处采集的鱼类样本2份中检出霍乱弧菌hlyA、O139群基因核酸阳性,ctxAB毒力基因阴性.结论 本起疫情为霍乱弧菌O139群引起的散发疫情,其病原为国内的大流行菌株,感染来源可能与水产品污染有关,高温、干旱等因素是霍乱发生的原因之一.
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作者：
作者单位：
陕西省疾病预防控制中心,陕西西安 710054
[1]
汉中市疾病预防控制中心,陕西汉中 723000
[2]
汉中市城固县疾病预防控制中心,陕西汉中 723200
[3]
商洛市商州区疾病预防控制中心,陕西商洛 726000
[4]
期刊：
《疾病监测》2024年39卷7期 945-950页
ISTICPKUCSCD
关键词：
霍乱弧菌O139血清群核心基因组多位点序列分析核心基因组单核苷酸多态性分析Vibrio choleraeO139 serogroupCore-genome multilocus sequence typingCore-genome single nucleotide polymorphism
栏目名称：
案例分析
DOI：
10.3784/jbjc.202304140166
发布时间：
2024-09-03
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