基于铜死亡相关长链非编码RNA模型评估胰腺癌预后、免疫浸润及中药预测
An appraisal of pancreatic cancer prognosis,immune infiltration based on cuproptosis-related long noncoding RNA model and forecasting of traditional Chinese medicine
目的 利用与铜死亡基因有关的长链非编码RNA(cuproptosis-related long noncoding RNA,CRL)构建胰腺癌预后模型,以此预测靶向药物的敏感性,并预测可能调控铜死亡相关基因(cuproptosis-related gene,CRG)的中药.方法 采用癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库收集 183 例胰腺癌的RNA序列和临床信息,借助Cox回归、Pearson相关分析、Lasso回归等统计学方法对CRL进行筛查,建立胰腺癌预后的风险模型,通过风险评估和临床属性特征构建诺谟图(Nomogram).模型的准确性主要采用受试者操作特征曲线(receiver operator characteristic curve,ROC曲线)以及C-指数进行评估.利用风险评分评估免疫浸润和化疗/靶向药的相关性,利用Coremine Medical数据库来预测可能影响CRG的中药.结果 基于筛选出的 6 个CRL(MIR1915HG、PRECSIT、AC004982.1、AC023043.4、AC010999.2、FOXCUT)构建的胰腺癌风险模型,在预测胰腺癌患者 1、3、5年生存率时,ROC曲线下面积(area under curve,AUC)分别达到了0.782、0.786、0.912,其预测结果显著优于年龄、Grade分级和TNM分期等指标.风险评分与肿瘤浸润淋巴细胞、调节性T细胞等免疫细胞富集程度及14 种化疗/靶向药的敏感性相关.98种中药具有潜在调节CRG的功效,主要以清热解毒、清热泻火为主,归肝、脾、肺经.其中通关藤可能存在对铜死亡机制的关键基因FDX1 调控作用.结论 以 6 个CRL构建的风险模型能够评估胰腺癌的预后和免疫情况,通关藤可能在调控铜死亡机制方面发挥重要作用.
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