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基于铜死亡相关长链非编码RNA模型评估胰腺癌预后、免疫浸润及中药预测

An appraisal of pancreatic cancer prognosis,immune infiltration based on cuproptosis-related long noncoding RNA model and forecasting of traditional Chinese medicine

摘要:

目的 利用与铜死亡基因有关的长链非编码RNA(cuproptosis-related long noncoding RNA,CRL)构建胰腺癌预后模型,以此预测靶向药物的敏感性,并预测可能调控铜死亡相关基因(cuproptosis-related gene,CRG)的中药.方法 采用癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库收集 183 例胰腺癌的RNA序列和临床信息,借助Cox回归、Pearson相关分析、Lasso回归等统计学方法对CRL进行筛查,建立胰腺癌预后的风险模型,通过风险评估和临床属性特征构建诺谟图(Nomogram).模型的准确性主要采用受试者操作特征曲线(receiver operator characteristic curve,ROC曲线)以及C-指数进行评估.利用风险评分评估免疫浸润和化疗/靶向药的相关性,利用Coremine Medical数据库来预测可能影响CRG的中药.结果 基于筛选出的 6 个CRL(MIR1915HG、PRECSIT、AC004982.1、AC023043.4、AC010999.2、FOXCUT)构建的胰腺癌风险模型,在预测胰腺癌患者 1、3、5年生存率时,ROC曲线下面积(area under curve,AUC)分别达到了0.782、0.786、0.912,其预测结果显著优于年龄、Grade分级和TNM分期等指标.风险评分与肿瘤浸润淋巴细胞、调节性T细胞等免疫细胞富集程度及14 种化疗/靶向药的敏感性相关.98种中药具有潜在调节CRG的功效,主要以清热解毒、清热泻火为主,归肝、脾、肺经.其中通关藤可能存在对铜死亡机制的关键基因FDX1 调控作用.结论 以 6 个CRL构建的风险模型能够评估胰腺癌的预后和免疫情况,通关藤可能在调控铜死亡机制方面发挥重要作用.

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作者: 孙国栋 [1] 蒋婧怡 [2] 赵磊 [3] 蒲唯高 [2] 胡继科 [2] 何丽娟 [2] 贠张君 [4] 成慧娟 [5] 陈昊 [6]
作者单位: 兰州大学第一医院 公共卫生科,甘肃 兰州 730000;兰州大学第二医院 甘肃省环境肿瘤学重点实验室,甘肃 兰州 730030 [1] 兰州大学 第二临床医学院,甘肃 兰州 730030 [2] 兰州大学第二医院 甘肃省环境肿瘤学重点实验室,甘肃 兰州 730030;兰州大学第二医院 普外科,甘肃 兰州 730030 [3] 北京中医药大学东直门医院 血液肿瘤科,北京 100700 [4] 兰州大学第二医院 甘肃省环境肿瘤学重点实验室,甘肃 兰州 730030 [5] 兰州大学第二医院 甘肃省环境肿瘤学重点实验室,甘肃 兰州 730030;兰州大学 第二临床医学院,甘肃 兰州 730030 [6]
栏目名称: 临床研究
DOI: 10.3969/j.issn.2095-5308.2024.02.004
发布时间: 2024-08-26
基金项目:
甘肃省自然科学基金 甘肃省青年科技基金计划 兰州大学第一医院院内基金 兰州大学第二医院萃英科技创新项目
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