换一批
换一批黄栌枯萎病拮抗细菌CCBC3-3-1的全基因组测序及比较基因组分析
Whole Genome Sequencing and Comparative Genomic Analysis of Antagonistic Bacterium CCBC3-3-1 against Verticillium dahlia
摘要：
[目的]从黄栌枝干内部分离到的细菌CCBC3-3-1 菌株对黄栌枯萎病菌(Verticillium dahliae)表现出较强的拮抗作用,从基因组层面深入研究其拮抗机理,为进一步研发生防菌剂提供理论依据.[方法]利用PacBio RS测序平台完成CCBC3-3-1 的全基因组测序,根据 16S rDNA序列信息构建系统发育树,并与同属近缘种菌株进行比较基因组学分析;对其发酵液进行LC-MS非靶标代谢组检测.[结果]CCBC3-3-1 基因组总长度为 5.16 Mb,由 1 条环状双链染色体和 3 个环状质粒组成,GC含量 48.08%,含有 5 013 个编码基因.经过antiSMASH预测,CCBC3-3-1 基因组中有 8 个抗生素及次生代谢物合成相关的基因簇,其中 2 个与已知基因簇相似度较低,5 个基因簇功能未知,其发酵液中检测出 6 种已知抗生素类物质.比较基因组学分析结果表明CCBC3-3-1 基因组与泛菌属内 4 个近缘种均有显著差异,而且CCBC3-3-1 在 16S rDNA系统发育树上形成一个相对独立的分支.[结论]CCBC3-3-1 是泛菌属的一个新变异种Pantoea sp.,能够产生多种抗生素类物质,在黄栌枯萎病生物防治方面具有重要应用潜力.
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作者：
作者单位：
园林绿地生态功能评价与调控技术北京市重点实验室 北京市园林绿化科学研究院,北京 100102
[1]
期刊：
《生物技术通报》2024年40卷7期 235-246页
ISTICPKUCSCD
关键词：
黄栌大丽轮枝菌泛菌拮抗作用全基因组测序Cotinus coggygriaVerticillium dahliaPantoeaantagonismwhole genome sequencing
栏目名称：
研究报告
DOI：
10.13560/j.cnki.biotech.bull.1985.2024-0158
发布时间：
2024-08-12
基金项目：
北京市公园管理中心科技课题
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