换一批
换一批抑郁症易感基因和抗抑郁药物靶点相关神经细胞类型及相互作用网络分析
Identification of neuronal cell types and interaction network of susceptibility genes of depressive disorder and antidepressant drug targets
摘要：
基于抑郁症的全基因组关联分析研究(GWAS),对于获得的单核苷酸多态性位点(SNP)使用Haploreg软件进行基因注释,得到SNP注释的102 个易感基因..使用MAGMA软件对GWAS的汇总统计数据做基因水平的分析,获得了270 个校正之后显著的基因,两者合并共得到 320 个抑郁症易感基因.通过药物数据库Drugbank获取 133 个抗抑郁药物靶点基因.使用EWCE包对抑郁症易感基因和抗抑郁药物靶点在三套脑组织单细胞测序数据中,分别进行神经细胞类型富集分析.结果发现大脑皮质的GABA神经元(抑制性神经元)和谷氨酸能神经元(兴奋性神经元)是抑郁症易感基因和抗抑郁药物靶点共同的神经元.这两种类型的神经细胞可能是抗抑郁药物与抑郁症易感基因相互作用的神经细胞,另外少突胶质前体细胞可能是抑郁症特有的易感神经细胞.使用Network Calculator软件构建网络并进行进行网络拓扑学参数分析.结果表明抑郁症易感基因与抗抑郁药物靶点组成了一个具有显著的相互连接的网络.本研究从单细胞层面揭示抑郁症的遗传机制,在网络层面为寻找新的抗抑郁药物靶点提供了一定的启示.
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作者：
作者单位：
山东第一医科大学(山东省医学科学院) 生命科学学院 生物信息系,山东 泰安 271099
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期刊：
《生物信息学》2024年22卷2期 124-133页
ISTIC
关键词：
单细胞测序抑郁症易感基因抗抑郁药物靶点,神经细胞相互作用网络Single-cell RNA sequencingSusceptibility genes of depressive disorderAntidepressant drug targetsNeuronal cellInteraction network
栏目名称：
研究论文
DOI：
10.12113/202203007
发布时间：
2024-07-03
基金项目：
山东省大学生创新创业训练计划项目
山东省医药卫生科技发展计划项目
山东省自然科学基金
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