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幽门螺杆菌相关性胃炎关键基因的筛选及潜在治疗中药预测

Screening of key genes for Helicobacter pylori-associated gastritis and prediction of potential traditional Chinese medicines for treating it

摘要:

基于生物信息学筛选幽门螺杆菌(Helicobacter pylori,Hp)相关性胃炎的关键基因、分析通路机制、预测潜在治疗中药.首先从GEO数据库获取GSE60427与GSE60662数据集,借助R软件筛选出差异表达基因并进行富集分析,通过STRING数据库和Cytoscape软件进一步筛选出关键基因,利用UALCAN数据库、GEPIA数据库对关键基因进行表达验证,在Coremine Medical数据库预测筛选潜在中药.最后筛选出344个差异表达基因,与白细胞粘附、T细胞活化、免疫反应、趋化因子受体结合等生物功能有关,通过Th17细胞分化、Th1和Th2细胞分化等信号通路.得到的 10 个关键基因是 PTPRC、TNF、ITGB2、FCGR3A、CD19、LCK、LCP2、CD48、CTLA4、IL7R.结合中医"毒邪"理论,将预测的潜在中药分为健脾解毒、化湿解毒、活血解毒、清热解毒四大类,可为治疗Hp相关性胃炎,抑制"炎-癌"转化,防治胃癌提供思路.

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作者: 易柳凤 [1] 陶思羽 [1] 李萌 [2] 王少丽 [2] 刘震 [2]
期刊: 《天然产物研究与开发》2024年36卷7期 1200-1206页 ISTICCSCD
分类号: R259
栏目名称: 开发研究
DOI: 10.16333/j.1001-6880.2024.7.012
发布时间: 2024-09-03
基金项目:
国家自然科学基金 首都卫生发展科研专项 中国中医科学院科技创新工程
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