换一批
换一批类芽孢杆菌(Paenibacillus sp.)蛋白质组学研究中三种蛋白提取方法的比较分析
Comparison of three protein extraction methods for the proteomics research on Paenibacillus sp.
摘要：
[目的]革兰氏阳性类芽孢杆菌(Paenibacillus sp.)本身细胞壁的结构特点导致其菌体全蛋白不易获得.本研究选取了 3 种破碎方法——溶菌酶联合超声破碎法(方法一)、溶菌酶联合SDS热处理破碎法(方法二)、液氮联合超声破碎法(方法三)进行革兰氏阳性菌的细胞破碎,以期获得适于样品菌株基于质谱技术进行蛋白质组学研究的制备方法.[方法]在蛋白样品的制备过程中,对 3 种不同破碎方法的蛋白提取得率和SDS-PAGE检测分析结果进行比较;随后将 3 种蛋白样品制备方法的样品用质谱技术进行鉴定,分析不同蛋白样品基于质谱技术鉴定蛋白的差异.[结果]在蛋白样品的制备提取过程中,不同破碎方法的蛋白提取率大致相同.用单因素方差比较 3 种提取方法质谱鉴定蛋白数的差异性,方法三鉴定的蛋白数最多(2 638 个),其次是方法一(2 452 个),方法二鉴定的蛋白数最少(2 003 个).进一步用韦恩图分析比较不同提取方法的蛋白鉴定通量差异,综合考虑蛋白提取效率的结果以及液氮研磨法提取蛋白的缺点,最终选取溶菌酶联合超声破碎法(方法一)提取菌株全蛋白作为该菌基于质谱分析其蛋白质组学研究中最适合的方法.最后,对质谱鉴定菌株蛋白包括分子量、等电点、疏水性的基本性质进行分析,发现 3 种破碎方法质谱鉴定的蛋白与模式菌株多黏类芽孢杆菌(Paenibacillus polymyxa)基因组中预测蛋白的各个组分分布占比基本一致,都保证了菌株蛋白质组数据信息的完整性.[结论]基于质谱技术开展革兰氏阳性类芽孢杆菌(Paenibacillus sp.)的蛋白质组学研究,溶菌酶联合超声破碎法是提取该菌株全蛋白最适合的方法.
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作者：
作者单位：
中国科学院青藏高原研究所 青藏高原地球系统与资源环境重点实验室,北京 100101
[1]
兰州大学生态学院,甘肃 兰州 730000
[2]
中国科学院微生物研究所,北京 100101
[3]
中国科学院生物物理研究所,北京 100101
[4]
期刊：
《微生物学报》2024年64卷2期 623-632页
MEDLINEISTICPKUCSCDBP
栏目名称：
技术与方法
DOI：
10.13343/j.cnki.wsxb.20230473
发布时间：
2024-03-07
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