胃癌组蛋白H3第4位赖氨酸的三甲基化修饰相关长链非编码RNA预后模型的构建与验证
Construction and verification of trimethylation modification of lysine 4 on histone H3 related long non-coding RNA prognostic model for gastric cancer
目的 探索胃癌组蛋白 H3 第 4 位赖氨酸的三甲基化(trimethylation of lysine 4 on histone H3,H3K4me3)修饰相关长链非编码RNA(long non-coding RNA,LncRNA)特征,构建相关预后模型并预测胃癌免疫治疗疗效.方法 从癌症基因组图谱数据库下载胃癌相关转录组测序数据和对应的患者临床资料,通过构建 H3K4me3 相关调节因子基因与 LncRNA 的共表达网络识别H3K4me3 修饰相关LncRNA,并将癌症基因组图谱数据库中 370 例符合筛选标准的胃癌患者样本(整体组)按 1∶1 随机抽样划分为训练组(n=185)和验证组(n=185).随后基于单因素Cox回归、Lasoo回归分析构建H3K4me3 相关LncRNA预后风险评分模型并进行内部验证.Kaplan-Meier生存分析和受试者操作特征曲线(receiver operating characteristic curve,ROC 曲线)被用于验证模型的预测性能.通过单因素和多因素Cox回归分析评估风险评分等临床指标的预后预测价值.结合风险评分、年龄和肿瘤TNM分期构建预测胃癌患者总生存率的列线图模型,ROC曲线与校准图被用于评估列线图的预测准确性.借助共识聚类识别异质性聚类亚群并进行免疫治疗疗效预测.结果 基于共表达网络关系识别了 14 个具有预后价值的H3K4me3 相关LncRNA并构建了相关风险模型及评价体系.根据训练组预后风险评分模型获得的中位风险评分将训练组、验证组和整体组胃癌患者划分为高、低风险,Kaplan-Meier生存曲线显示低风险患者的总体生存情况要优于高风险患者(P<0.05).此外,该模型在训练组中预测胃癌患者 1、3、5 年总生存率的曲线下面积(area under curve,AUC)分别为0.708、0.730、0.770,在验证组中分别为 0.690、0.648、0.713,而在整体组中分别为 0.697、0.670、0.724.多因素Cox回归分析显示基于H3K4me3 相关LncRNA构建的风险评分模型是预测胃癌患者预后的独立因素(P<0.001).构建的列线图预测胃癌患者 1、2、3 年总生存率的AUC分别为 0.727、0.780、0.717,且其校准曲线与理想曲线相接近.基于共识聚类算法进一步识别了 2 种具有异质性免疫特征的H3K4me3-LncRNA亚群,其中亚组Ⅱ具有更高的免疫细胞浸润水平和更强的免疫应答潜力,并对5-氟尿嘧啶、奥沙利铂等显示出更高的药物敏感性,而亚组Ⅰ则可能对磷脂酰肌醇 3-激酶特异性抑制剂具有更高的敏感性.结论 本研究构建了一个H3K4me3-LncRNA风险评分模型以预测胃癌患者的预后,并揭示了其异质性微观特征及在预测免疫治疗疗效方面的潜在价值.
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