换一批
换一批"酉芯一号"在地方鸡遗传多样性和结构分析中的应用效力研究
Application effectiveness of"Youxin-1"in genetic diversity and structure analysis of local chickens
摘要：
我国地方鸡品种资源丰富,且在长期的选择进化过程中形成了各异的种质特性.科学评估群体遗传多样性,明确品种间遗传结构,对地方鸡品种资源的保护与创新利用具有重要价值.为了评估23K SNP芯片"酉芯一号"在地方鸡遗传多样性和遗传结构分析中的应用效力,本文利用RADseq鉴定21个地方鸡种基因组遗传变异,并研发23K芯片"酉芯一号".基于两组SNP数据集计算各品种的遗传统计量,开展相关性、拟合及系统发育分析,以评估芯片的应用效力.结果表明,基于两组SNP数据集计算的观察杂合度(Ho)、多态信息含量(PIC)、近交系数(FROH)和遗传分化系数(Fst),在21个地方鸡种中趋势基本一致.琅琊鸡(LA)、瓢鸡(PJ)、文昌鸡(WC)的遗传多样性较为丰富;边鸡(BJ)、狼山鸡(LS)、固始鸡(GS)、东乡绿壳蛋鸡(DX)和北京油鸡(BY)的遗传多样性相对匮乏,两组Ho、PIC、FROH和平均Fst的相关系数分别为0.794、0.901、0.926和0.984,均达到极显著水平(P＜0.01),且拟合度较高(P＜0.001),R2分别为0.644、0.827、0.916和0.927.针对两组SNP数据集,采用邻接法(NJ)和极大似然法(ML)构建的进化树较为合理,将21个地方鸡种总体上分为6大类,与品种的形成历史和地理分布相吻合;23K芯片对5个新增品种亦实现有效聚类,没有出现个体偏离.利用不同密度的SNP估算遗传统计量会存在一定差异,需要进行数据和分析方法的标准化,23K芯片在地方鸡遗传多样性和结构分析中具有较好的效力.
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作者：
作者单位：
中国农业科学院家禽研究所,扬州 225125;江苏省家禽科学研究所,扬州 225125
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江苏省家禽科学研究所,扬州 225125
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江苏省家禽科学研究所,扬州 225125;江苏省家禽科学研究所科技创新有限公司,扬州 225125
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期刊：
《遗传》2024年46卷8期 640-648页
MEDLINEISTICPKUCSCDBP
栏目名称：
研究报告
DOI：
10.16288/j.yczz.24-068
发布时间：
2024-09-02
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