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[目的]使用生物信息学的方法寻找非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)和动脉粥样硬化(As)的共同转录特征,通过两种疾病的基因串扰分析,挖掘NAFLD相关As新的潜在机制和关键靶点,并进一步在动物组织和人血清样本中验证关键靶点的表达水平.[方法]GEO数据库下载NAFLD(数据集GSE89632)和As(数据集GSE43292)的基因表达谱,进行差异基因分析和加权基因共表达网络分析,筛选两种疾病的共享基因.通过String数据库、蛋白质互作分析和R软件等工具对共享基因进行富集分析.利用Cytoscape软件计算、外部数据集(GSE100927)验证及机器学习方法(LASSO回归)筛选出核心基因.最后,通过构建高脂饮食非酒精脂肪肝和As小鼠模型以及收集NAFLD合并冠心病患者的外周血清,验证重要的核心基因.[结果]识别出两种疾病的75个共享基因,发现共享基因的主要富集通路,包括细胞因子-细胞因子受体相互作用、IL-17信号通路、脂质和As、NF-κB信号通路等.综合多种生物信息学方法,最终筛选出2个重要的核心基因(MMP-9和CCL3).动物实验验证结果表明,高脂饮食组小鼠肝脏和主动脉窦组织的MMP-9和CCL3含量都明显升高,高脂饮食组小鼠肝脏组织的MMP-9和CCL3含量分别为对照组的2.43倍(P＜0.001)和1.35倍(P＜0.01),高脂饮食组小鼠主动脉窦组织的MMP-9和CCL3含量分别为对照组的2.10倍(P＜0.001)和1.58倍(P＜0.01).人血清样本验证结果表明,NAFLD合并冠心病患者血清中的MMP-9和CCL3含量分别为单纯冠心病患者的1.21倍(P＜0.01)和1.29倍(P＜0.01).[结论]本研究基于生物信息学分析发现MMP-9和CCL3可能是NAFLD相关As中发挥关键作用的核心基因,为研究NAFLD相关As提供一定的靶点参考.