换一批
换一批基于生物信息学和体外实验筛选头颈鳞癌生物标志物
Comprehensive bioinformatics analysis combined with experimental validation to screen biomarkers for head and neck squamous cell carcinoma
摘要：
目的:筛选头颈部鳞状细胞癌(head and neck squamous cell carcinoma,HNSCC)潜在的分子生物标志物,并确定其功能和临床意义.方法:从基因综合表达(Gene Expression Omnibus,GEO)数据库下载GSE58911数据集,筛选正常样本和头颈鳞癌样本中的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs).使用GeneCards和比较毒理学基因组(Comparative Toxicogenomics Database,CTD)数据库,进一步筛选HNSCC潜在生物标志物,针对HNSCC潜在生物标志物进行生物信息学分析.利用癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库作为外部验证,并用ssGSEA评估免疫细胞浸润情况.通过CCK-8、集落形成实验及实时荧光定量PCR(RT-PCR)验证数据库分析结果的准确性.结果:在GSE58911数据集中得到605个DEGs,从中开发并验证了 SERPINE1、PLAU、PLAUR和SERPINB2为HNSCC核心基因.与正常对照相比,HNSCC中SERPINE1,PLAU和PLAUR表达量显著上调,而SERPINB2表达量显著下调.核心基因与免疫细胞浸润关系,进一步提高对HNSCC免疫治疗的理解.RT-PCR结果与4个核心基因在数据集中的结果一致,体外实验结果表明,SERPINE1能促进HNSCC的进展.结论:SERPINE1、PLAU、PLAUR和SER-PINB2可作为诊断HNSCC的潜在生物标志物,但需进一步体外和体内研究,明确其在HNSCC中的作用及具体机制.
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作者：
作者单位：
湖北医药学院附属东风口腔医院,湖北 十堰 442001
[1]
湖北医药学院 口腔医学院,湖北 十堰 442001
[2]
期刊：
《中国口腔颌面外科杂志》2024年22卷4期 329-338页
ISTIC
分类号：
R739.8
栏目名称：
论著
DOI：
10.19438/j.cjoms.2024.04.003
发布时间：
2024-08-20
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