AHNAK基因高表达与老年急性髓系白血病患者预后不良相关
The association between high AHNAK gene expression and poor prognosis in elderly AML patients
目的:基于单细胞RNA测序(scRNA-seq)筛选老年急性髓系白血病(AML)造血干细胞(HSCs)中的关键基因,分析其对预后的影响。方法:对3例初诊老年AML患者骨髓细胞进行scRNA-seq,采用统一流形逼近与投影(UMAP)算法聚类确定骨髓细胞类型。进一步根据拷贝数变异(CNV)分析、干性分析、拟时序分析、差异表达基因分析和富集分析揭示HSCs亚群的特点,筛选差异表达基因。通过癌症基因组图谱计划(TCGA)数据库/基因型-组织表达(GTEx)数据库以及实时荧光定量聚合酶链反应(RT-qPCR)对收集的老年AML患者、年轻AML患者和健康人骨髓样本检测,对筛选出的关键基因表达进行验证。采用单因素方差分析和Dunnett-t检验进行比较,生存分析用Log-rank检验。结果:3例老年AML患者的骨髓细胞UMAP聚类分为11类细胞,其中HSCs比例差异较大;重新UMAP聚类HSCs,得到5个HSCs亚群。HSCs_2和4在细胞命运2 (Fate2)分支,CNV评分较高,且富集通路类似,因此归为一组,HSCs_1、3和5归为另一组;差异表达基因分析结果显示肺腺癌转移相关转录本1 (MALAT1)、AHNAK核蛋白(AHNAK)、Dmx like蛋白2 (DMXL2)和磷脂转运ATP酶8B4 (ATP8B4)基因差异显著。TCGA数据库/GTEx数据库分析结果显示,与健康人比较,MALAT1、AHNAK和ATP8B4基因在AML患者中高表达(P < 0.05),DMXL2基因表达在AML患者和健康人中比较差异无统计学意义。RT-qPCR结果显示AHNAK和ATP8B4 mRNA水平在老年AML患者中高于年轻AML患者和健康人(P < 0.05)[AHNAK mRNA:(0.74 ± 0.14)比(4.28 ± 1.06),(1.05 ± 0.11)比(4.28 ± 1.06),ATP8B4 mRNA:(0.03 ± 0.01)比(0.64 ± 0.14),(0.07 ± 0.02)比(0.64 ± 0.14)]。MALAT1 mRNA水平在老年AML患者中高于年轻AML患者[(0.45 ± 0.16)比(1.27 ±0.23)](P < 0.05),但与健康人的差异无统计学意义。DMXL2 mRNA水平在老年AML患者中与年轻AML患者、健康人比较差异无统计学意义。生存分析显示AHNAK基因高表达与老年AML患者生存负相关。结论:AHNAK基因在老年AML患者HSCs中高表达,且与预后不良相关。
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