缺血性脑卒中内质网应激相关生物标志物的筛选
Screening of endoplasmic reticulum stress-related biomarkers in ischemic stroke
目的 筛选缺血性脑卒中后改变的内质网应激(Endoplasmic reticulum stress,ERS)相关基因,研究内质网应激与缺血性脑卒中之间的关系并确定生物标志物.方法 选取来自基因表达数据库(Gene ex-pression omnibus,GEO)的2个数据集(GSE28731和GSE30655),利用5个假手术(Sham)组和10个大脑中动脉栓塞(Middle cerebral artery occlusion,MCAO)组的遗传信息,分析差异表达基因(Differentially expressed genes,DEGs);筛选与内质网应激相关的差异表达基因(Endoplasmic reticulum stress-Differentially expressed genes,ERS-DEGs),进行富集分析以探索ERS-DEGs的生物功能和相关信号通路;进行蛋白质相互作用(Pro-tein-protein interaction,PPI)网络,以确定关键基因及其相关表达和功能.结果 本研究共鉴定出16个ERS-DEGs,通过基因本体论(Gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)富集分析证实,上调的ERS-DEGs主要富集在与氧化应激、肿瘤坏死因子(Tumor necrosis factor,TNF)、丝裂原活化蛋白激酶(Mitogen activated protein kinase,MAPK)和白细胞介素 17(Interleukin 17,IL-17)相关信号通路,最终通过PPI网络分析筛选出活化转录因子3(Activating transcription factor 3,ATF3)、Jun原癌基因(Jun proto-oncogene,Jun)等14个内质网相关的生物标志物.结论 通过整合和分析2个基因表达数据集,可以推断内质网应激可能参与缺血性脑卒中的发展,进而最终筛选出 14个内质网应激相关的差异基因,它们可能作为缺血性脑卒中诊断和治疗的潜在生物标志物.
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