目的:分析并比较2016年浙江省温岭地区EV71型轻、重症手足口病(HFMD)患儿病毒分离株VP1和VP4区基因特征及进化关系。方法:研究对象为2016年浙江省温岭市第一人民医院分离鉴定的EV71型HFMD患儿，随机选取轻、重症HFMD患儿EV71病毒株各6例，进行VP1和VP4区基因扩增和测序，利用DNAStar和Mega 6.0软件对测序结果与美国国立生物信息中心公布的EV71典型基因代表株(A、B1～5、C1～4亚型)进行核苷酸和氨基酸比对分析，并构建系统进化树。结果:轻、重症手足口病患儿性别(χ 2＝14.51， P<0.05)和年龄( t＝2.82， P<0.05)差异无统计学意义。两组EV71分离株的VP1区核苷酸同源性为95.8%～99.6%，氨基酸同源性为99.1%～100%；VP4区核苷酸同源性为95.0%～99.9%，氨基酸同源性为99.0%～100%，轻、重症EV71分离株同源性高。它们与典型C4a基因型代表株最接近，氨基酸同源性为：96.6%～100%(VP1)和94.3%～100%(VP4)。3例EV71型重症HFMD患儿分离株分别出现VP1区V170L突变(缬氨酸→亮氨酸)，VP1区A293S(丙氨酸→丝氨酸)以及VP4区T7A(苏氨酸→丙氨酸)，其他未见明显突变。 结论:2016年浙江温岭地区轻、重症HFMD患儿EV71病毒分离株VP1和VP4区同源性高，且均属于C4a基因亚型。其中几个位点的氨基酸突变可能与浙江温岭地区HFMD患儿疾病危重有关。

目的:对云南省2022年一例流感样病例的咽拭子分离得到的柯萨奇病毒B组5型（coxsackievirus B5，CVB5）病毒株进行全基因组测序，并分析其遗传进化、基因突变和重组特征。方法:通过人宫颈癌细胞培养获得病毒分离株，应用全基因组测序技术对分离株进行病毒基因序列测定，采用MEGA、RDP4及SimPlot软件，解析病毒基因组学特征。结果:分离株YN-01/CHN/2022与2株广东CVB5流行株核苷酸同源性为96.6%，属GⅠ.C1分支，与国内大多其他CVB5流行株相似度低（≤90.3%），揭示国内CVB5流行株间基因组差异较大。该分离株VP1序列存在2个特有的氨基酸突变（T246A和T275A），但其95位氨基酸未发生改变。基因重组分析显示YN-01/CHN/2022可能为重组株，重组位点发生在P1区VP4（940）和P2区2A（3 540）。结论:本研究分离株YN-01/CHN/2022属于CVB5 GⅠ.C1基因型，存在特异的核苷酸分歧，也证实了CVB5基因组有重组现象发生。该数据提示增强CVB5分子流行病学研究工作，持续追踪病毒进化规律，不断提高相关疾病防控工作的精准性。

目的:了解河南省急性呼吸道感染(ARI)病例中人副流感病毒3型(HPIV3)血凝素-神经氨酸酶(HN)的基因特征。方法:对河南省漯河市采集的严重急性呼吸道感染(SARI)病例标本和郑州市采集的流感样病例(ILI)标本进行人副流感病毒(HPIVs)核酸检测，HPIV3检测阳性标本使用RT-PCR法进行HN基因扩增并测序，使用CExpress以及MEGA7.0软件进行序列编辑、进化树构建和基因特征分析。结果:漯河市和郑州市共采集ARI咽拭子标本374份，其中HPIV3核酸检测阳性标本20份(5.3%)，对阳性标本进行靶基因扩增后获得18条序列，经分析全部为C3亚群，其中有16条序列为C3f基因型，有2条序列为C3a基因型。18株HPIV3的HN基因序列的核苷酸和氨基酸同源性分别为97.6%~100.0%和99.3%~100.0%，与原株型Wash/47885/57相比差异较大，发生了12处共同的氨基酸突变，其中H295Y、I391V、D556N和I53T是功能相关突变位点。与流行株China/BCH4210A/2014相比同源性较高，未发生共同的氨基酸突变，未发现新的功能相关突变位点。结论:河南省近年流行的HPIV3为C3亚型的C3f和C3a分支，可能建立了本土循环流行。应对HPIV3的C3亚型进行持续深入的监测，为防控HPIV3相关疾病提供科学依据。

目的:研究2016年山东省烟台地区手足口病(hand, foot and mouth disease, HFMD)的病原谱组成特点，分析烟台HFMD病原谱中柯萨奇病毒A组6型(coxsackie virus A group 6 type, CV-A6)流行株的进化及VP1区重要氨基酸位点的变异情况。方法:采用real-time RT-PCR方法，对2016年烟台地区采集于HFMD患者的738份样品进行肠道病毒(enterovirus, EV)核酸检测和分子定型，统计各型EV阳性标本数量及比例。根据EV的优势型别，选取8株CV-A6进行VP1区扩增，并进行核苷酸序列测定和分析，然后进行系统进化分析。结果:从738份标本中检出EV 460份，主要病原构成为柯萨奇病毒A组16型(coxsackie virus A group 16 type, CV-A16)(56.09%，258/460)、肠道病毒A组71型(enterovirus A group 71 type, EV-A71)(13.48%，62/460)、柯萨奇病毒A组10型(coxsackie virus A group 10 type, CV-A10)(10.65%，49/460)、CV-A6(9.57%，44/460)、柯萨奇病毒A组4型(coxsackie virus A group 4 type, CV-A4)(1.96%，9/460)。其中成功分离到8份CV-A6阳性标本毒株，并进行了全长VP1区核苷酸序列分析，8株CV-A6的序列分析结果表明，其核苷酸相似性为96.12%～100%，氨基酸相似性为97.78%～100%。系统进化分析显示8株CV-A6烟台株均属于D基因型中的D3基因亚型。与参考株CVA6-Gdula-AY421764相比，烟台市CVA16分离株VP1第10、14、174、194、279、283、305位氨基酸出现突变。结论:CV-A16、EV-A71、CV-A10、CV-A6是引起2016年烟台地区HFMD发病的常见病原体，本次分离到的CV-A6均属于D基因型中的D3基因亚型。

目的:了解北京市2022全年新型冠状病毒分支BA.5.2流行特征与基因组学特征，为科学监测和防控新冠病毒感染提供依据。方法:收集北京市2022全年新冠病毒感染病例呼吸道标本，过滤后采用高通量测序法进行全基因组测序，测序数据进行比对、分析并构建系统发育树。结果:截止2022年12月中旬累计获得2 881条新冠病毒全长序列，其中BA.5.2占比12.22%，与Wuhan-Hu-1参考基因组的核苷酸和氨基酸序列一致性中位数分别为99.2%和99.0%。352条BA.5.2新冠序列共发现271个氨基酸突变位点，其中常见突变位点有ORF1ab区域的S135R和S蛋白区的D614G等35个；常见缺失位点有ORF1a基因的3 675~3 677位、ORF9b基因的27~29位和S基因的69~70位等；未发现插入变异。系统发育分析显示，北京市2022全年的BA.5.2的病毒基因组均位于GR进化支，与GISAID上的其他分支以及北京监测的其他分支存在一定的进化距离。结论:北京市2022年BA.5.2变异株的流行规律基本与全球流行趋势相一致。352条新冠病毒序列由于时间跨度长、多波输入和本土局部传播疫情共同构成，进化树存在多个进化分支并且存在高达271个氨基酸突变位点。加强对新冠病毒感染等呼吸道传染病的常规监测和全基因组测序，及时了解北京市新冠流行毒株的变化，为及时调整疾病防控策略提供指引。

目的:总结1例儿童Cowden综合征临床及基因突变特征并进行文献复习。方法:回顾性分析2020年6月新乡医学院第一附属医院收治的1例Cowden综合征患儿临床资料，并以"Cowden综合征"、" PTEN基因"、"错构瘤息肉"、"儿童"、"Cowden syndrome and child"、"PTEN and child"为检索词，检索建库至2021年3月中文数据库(中国知网数据库、万方数据库)及PubMed数据库进行文献复习。 结果:患儿，男，13岁，间断腹痛、腹胀5个月就诊，儿童电子显微胃肠镜检查提示多发息肉，息肉组织活检见灶状淋巴细胞聚集浸润。全外显子测序发现患儿 PTEN基因存在c.475(exon5)A>T杂合核苷酸变异，该变异导致第159号氨基酸由精氨酸变为色氨酸，通过蛋白三级结构预测发现该变异可能影响蛋白的空间结构，可能导致蛋白功能受到损害．结合患儿临床特点，确诊为Cowden综合征。家系验证变异遗传自母亲，母亲有类似表型。检索符合条件的中文文献0篇，与 PTEN突变有关的41篇儿童病例报道的英文文献中，仅2篇报道与儿童Cowden综合征有关，该变异未见报道。 结论:本研究发现导致Cowden综合征的新的 PTEN基因c.475(exon5)A>T突变位点，为国内首例儿童Cowden综合征病例报道。

目的:探讨遗传性肺动脉高压合并疑似遗传性出血性毛细血管扩张症（HHT）患者的临床特征、诊断要点、遗传学特点及治疗方法。方法:分析中南大学湘雅二医院呼吸与危重症学科收治的遗传性肺动脉高压家系合并疑似遗传性出血性毛细血管扩张症的患者临床资料。对患者及患者家系外周血基因进行全外显子基因测序并进行sanger测序验证突变位点，后进一步验证该突变所导致的mRNA缺失情况。以“HHT”“FPAH”“骨形态发生蛋白受体2（ BMPR2）基因突变”为关键词，检索自2000年1月至2021年11月的万方数据库和PubMed数据库相关文献并进行复习。 结果:我们发现来自湖南益阳的一个家系中的2例患者，以咯血或肺动脉高压症状为主要临床表现，无鼻出血等HHT临床特征，然而2例患者肺部均出现肺血管异常、肺动脉高压，WES发现 BMPR2基因突变（NM_001204.7：c.1128+1G>T）阳性而 ENG、 ACVRL1、 SMAD4基因阴性，对家族4代16人进行调查家系分析和sanger验证（发现其中7人携带该突变基因），然后转录水平mRNA测序进一步证实该突变导致8号9号外显子缺失，进行氨基酸序列推测发现该蛋白从323到425位的氨基酸出现了缺失。我们认为 BMPR2基因翻译不完整可能导致BMPR2功能障碍。因此，诊断为遗传性肺动脉高压合并疑似遗传性出血性毛细血管扩张症。两位患者均建议予以降低肺动脉压力治疗，同时行全身影像学检查筛查其他动静脉畸形，并年度复查心脏彩超，评估肺动脉压力变化。 结论:遗传性肺动脉高压（HPAH）是一组由遗传因素引起肺血管阻力持续增加的疾病，包括家族性PAH和单纯性PAH。 BMPR2基因突变是HPAH的重要致病因素。临床上遇见年轻肺动脉高压患者，应注意家族史的询问。当病因不明时，建议进行基因检测。HHT是一种少见的常染色体显性遗传病。临床上遇到家族性肺部血管异常，肺动脉高压且合并反复鼻出血等临床表现应想到本病的可能性。HPAH和HHT均无有效的特殊治疗，均为对症治疗（包括降压、止血等）。建议该类患者动态检测肺动脉压力，生育前遗传咨询。

目的:了解临沂市手足口病病原情况，并对柯萨奇病毒A10型(Coxsackievirus A10，CV-A10)完整VP1区基因进行基因特征分析。方法:对临沂市2023年手足口病例样本进行检测分型及毒株分离，扩增CV-A10分离株VP1区基因并进行测序，将获得的序列与NCBI数据库中的序列进行比对，构建系统进化树，进行基因特征及分子流行病学分析。结果:2023年全年共采集手足口病样本861例，核酸检测阳性594例(68.99%)，阳性病例中男女比例1.56∶1。5岁以内儿童占81.65%，高发季节为6～8月份(83.84%)。病原体以CV-A6为主(84.51%)，其次为CV-A10(9.93%)。13株CV-A10分离株株间VP1区基因序列核苷酸和氨基酸同源性分别为93.29%～100.00%、97.65%～100.00%，与A型原型株AF081300-Kowalik/USA/1950的核苷酸和氨基酸同源性较低(75.95%～76.62%、91.72%～92.41%)。与C2c代表株的氨基酸和核苷酸同源性最高(94.28%～96.76%、98.28%～100.00%)，遗传距离最近(0.04～0.06)。氨基酸位点变异分析显示，分离株与原型株AF081300-Kowalik/USA/1950相比存在较多位点变异，与C2c代表株相比仅部分分离株发生I80V、E141K、P147S、T219I、E240K、V261I位点突变。遗传进化树显示分离株均与C2c代表株在同一分支，均属C2c基因型，且分离株进一步分为2个较小分支。结论:2023年临沂市手足口病病原以CV-A6为主，其次为CV-A10。CV-A10分离株均为C2c基因型，并可分为2个进化分支，应加强对CV-A10的持续监测和基因特征分析。

目的:应用高通量测序和生物信息学分析技术，从一起经货轮输入的新冠肺炎(COVID-19)聚集性病例标本中直接测定新型冠状病毒(2019 novel coronavirus，2019-nCoV)全基因组序列，并从全基因组水平分析2019-nCoV的基因组变异特征，追溯病毒的潜在来源。方法:采用2019-nCoV全基因组靶向扩增结合Ion S5二代测序的技术，对来源于同一艘货轮的8例COVID-19确诊病例咽拭子标本进行病毒全基因组测序。应用在线分析平台，判断病毒型别，分析病毒突变位点。利用进化分析软件，构建系统发育树，结合病例流行病学资料，推测病毒的来源。结果:成功测序获得8条长度为29 822~29 865 bp的2019-nCoV全基因组序列，平均测序深度为11 928×~33 588×，基因组覆盖度为99.73%~99.87%；Pangolin分型结果显示8个2019-nCoV基因组均属于VOC/Delta(B.1.617.2)进化分支；全基因组突变分析显示，与武汉参考株(NC_045512.2)相比，8个2019-nCoV基因组序列核苷酸突变的中位数为35个(31个~38个)，氨基酸突变的中位数为26个(24个~28个)，突变位点分布于8个编码区(ORF1a、ORF1b、S、ORF3a、M、ORF7a、ORF8、N)；进一步分析发现8个2019-nCoV基因组中含有23个属于2019-nCoV Delta(B.1.617.2·AY.2)变异株的特征性突变位点；但因8个2019-nCoV基因组间的突变位点并非完全重合，且流调报告显示货轮中途经停多个口岸且有人员更替，故推测该起聚集性COVID-19疫情可能有不同传播来源；进化分析显示，8个2019-nCoV序列共同处于B.1.617.2进化分支的AY.2子分支上，同Pangolin分型及突变分析结果一致。结论:本研究从一起经货轮输入的COVID-19聚集性疫情病例标本中测序获得8个Delta变异株全基因组序列，本研究所构建的测序方法和分析结果可在COVID-19防控中为2019-nCoV的变异分析和病例溯源提供参考。

目的:分析贵州省2017—2021年克-雅病（CJD）的发病情况、流行病学、临床特征，为贵州省CJD的监测提供科学依据。方法:采用回顾性研究，收集贵州省9家医院报告的CJD疑似病例的流行病学及临床信息，同时结合患者脑脊液、血液、皮肤标本的实验室检测结果进行分析。结果:2017年至2021年，贵州省共报告47例疑似病例，发现CJD病例22例，其中散发型CJD（sCJD）临床诊断病例18例（18/22），sCJD临床疑似病例2例（2/22），遗传型CJD（gCJD）确诊病例2例（2/22）。患者的首发症状以快速进行性痴呆为主要表现，辅助检查以头颅核磁共振成像（MRI）异常为主（16/20）；脑脊液14-3-3蛋白阳性率较高（14/21），血液中朊蛋白基因（PRNP）129个氨基酸和219个氨基酸均为M/M纯合子和E/E纯合子。除2例gCJD确诊病例PRNP基因检测发现T188K、E200K突变外，其余的都没有发现突变，5例病例的皮肤朊病毒蛋白（PrPSc）呈阳性。病例的长久居住地呈散在分布，职业分布广泛，男女性别比例为13∶9，年龄中位数为64岁，主要为汉族，流行病学史未见特别之处。结论:2017年至2021年，贵州省发现的CJD病例以sCJD为主，其居住地、职业、性别比例、年龄分布等均符合sCJD的发病特点。