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基于网络药理学和分子对接技术整合策略探讨芬氟拉明治疗癫痫的潜在作用机制
编辑人员丨12小时前
目的 基于网络药理学和分子对接技术探讨芬氟拉明治疗癫痫的潜在作用机制.方法 从GeneCards、DisGeNET和OMIM数据库中对癫痫的相应疾病靶点进行筛查,利用drug-bank、pharmmapper、swisstarget等数据库筛选芬氟拉明的药物靶点.取癫痫和芬氟拉明的交集靶点,利用STRING数据库构建蛋白相互作用网络,将其导入Cytoscape 3.9.1软件作网络拓扑分析筛选核心靶点并处理可视化.通过DAVID数据库对交集靶点进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析.利用分子对接技术验证芬氟拉明与关键靶点的相互作用.结果 获得139个癫痫与芬氟拉明的交集靶点基因,并根据网络拓扑分析筛选出33个核心靶点.GO分析结果显示,核心靶点主要涉及化学突触传递及信号转导等生物过程(BP);离子体膜、细胞质及质膜等细胞成分(CC);蛋白结合、神经递质受体活性等分子功能(MF).KEGG富集分析结果显示,芬氟拉明可能通过调控多巴胺能神经突触、神经活性配体-受体相互作用及PI3K-Akt等多个信号通路治疗癫痫.分子对接结果显示,芬氟拉明与DRD2、EGFR、HSP90AA1、SLC6A4、GSK3β及GRIN2B等关键靶点稳定结合.结论 本文利用网络药理学和分子对接技术分析得到芬氟拉明可能通过作用于DRD2,从而调控多巴胺能突触信号通路抑制癫痫发作,为进一步研究其治疗癫痫的具体机制提供了新的线索,亦为后续临床和实验研究提供理论基础,从而有助于开发治疗癫痫的有效新药.
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编辑人员丨12小时前
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基于网络药理学和实验验证探讨通关藤治疗乳腺癌作用机制
编辑人员丨1周前
目的 基于网络药理学和实验验证探讨通关藤治疗乳腺癌的作用机制.方法 通过文献检索获得通关藤的活性成分,并利用SwissTargetPrediction数据库获得活性成分对应的靶点,通过GeneCards、GEPIA2、OMIM、PharmGKB、TTD数据库获得乳腺癌的靶点,将药物靶点与疾病靶点取交集后,用Cytoscape3.9.0软件构建通关藤活性成分-乳腺癌-靶点网络,通过蛋白相互作用(PPI)网络筛选关键靶点,进行GO和KEGG通路富集分析,并筛选相关信号通路.对前10个关键靶点和主要活性成分进行分子对接验证.利用通关藤注射液体外干预人乳腺癌细胞株MDA-MB-231,CCK-8法和集落形成实验检测细胞增殖能力,Calcein-AM/PI染色和流式细胞术检测细胞凋亡,Transwell实验检测细胞迁移能力,Western blot对PI3K-AKT信号通路进行验证.结果 从通关藤中筛选出11α-O-苯甲酰-12β-O-乙酰通关藤苷元B、咖啡酸、苦绳苷元A、山柰酚等 37 个活性成分和治疗乳腺癌的 276 个潜在作用靶点,PPI网络筛选出AKT1、EGFR、TNF、CTNNB1、IL-6等25个关键靶点,主要影响雌激素信号通路、ErbB信号通路、HIF-1信号通路和PI3K-AKT信号通路等.分子对接结果显示,通关藤的主要活性成分与核心靶点AKT1、ALB、CASP3、ESR1和TNF均有较好的结合活性.体外实验结果显示,通关藤注射液可抑制MDA-MB-231细胞增殖和迁移能力(P<0.01,P<0.001),诱导细胞凋亡(P<0.001),同时抑制PI3K-AKT信号通路激活(P<0.05,P<0.01).结论 通关藤可能通过多靶点和多途径发挥抗乳腺癌作用,其机制可能与抑制PI3K-AKT信号通路有关.
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编辑人员丨1周前
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基于网络药理学和实验研究小续命汤治疗中风的药效物质及作用机制
编辑人员丨1周前
目的:探讨小续命汤治疗中风的药效物质及作用机制.方法:基于UHPLC-Q Exactive Plus HRMS鉴定小续命汤中的成分,网络药理学预测小续命汤治疗中风的活性成分及潜在机制,鹌鹑胚绒毛尿囊膜(qCAM)实验可视化小续命汤的促血管生成作用.结果:从小续命汤中鉴别出麻黄碱、升麻素苷和黄芩苷等68个成分,包括氨基酸类、生物碱类、黄酮类、香豆素类、萜类、丁基苯肽类等化合物;成分与中风的交集靶点建立了蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,共筛选出IL-6、TNF、EGFR、PDGFRB和PIK3CA等33个核心靶点;麻黄碱、黄芩苷和人参皂苷Rg1等57种活性成分;核心靶点的富集分析表明小续命汤治疗中风可能主要通过磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B(PI3K-AKT)和血管生成因子(VEGF)信号通路等与血管生成相关的通路.qCAM实验中阳性对照组(Gas,0.02 mg)和小续命汤高剂量组(XXMD-H,2 mg,折合生药量16.69 mg)的血管相对面积比空白组显著增加(P<0.05),较好地可视化了小续命汤促进血管生成.结论:本研究通过结合UHPLC-Q Exactive Plus HRMS和网络药理学的方法阐明了小续命汤治疗中风的药效物质,得出潜在作用机制可能与作用于PI3K-AKT、VEGF等信号通路促进血管生成有关,并通过qCAM实验评价其促进血管生成活性,RT-qPCR进一步验证相关靶点,为小续命汤的质量研究与进一步开发提供参考.
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编辑人员丨1周前
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基于网络药理学与体外实验探讨淫羊藿素抗非小细胞肺癌EGFR-TKIs耐药的分子机制
编辑人员丨1周前
目的 基于网络药理学与体外实验探讨淫羊藿素抗非小细胞肺癌(NSCLC)表皮生长因子受体-酪氨酸酶抑制剂(EGFR-TKIs)耐药的分子机制.方法 利用PubChem和化合物靶点预测(Swiss Target Prediction)数据库下载淫羊藿素的简化分子线性输入规范(SMILES)号及作用靶点,通过人类基因(GeneCards)和在线人类孟德尔遗传(OMIM)数据库收集NSCLC耐药疾病靶点,将药物与疾病交集靶点导入STRING数据库分析蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)情况,运用Cytoscape 3.9.1软件内置插件计算节点拓扑参数值并筛选核心靶点,采用生物信息学分析平台(DAVID)数据库进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)和基因本体(GO)富集分析,构建"淫羊藿素-关键靶点-疾病-通路"图.使用Pymol和Autodock Tools 1.5.7软件进行分子对接.体外实验选用NSCLC耐药株PC9OR研究淫羊藿素对细胞增殖、集落形成、迁移、侵袭和凋亡能力的影响,并对富集得到的核心靶点及关键通路进行验证.结果 共筛选到淫羊藿素治疗NSCLC耐药的潜在作用靶点1 952个.通过PPI网络节点拓扑参数值筛选得到13个核心靶点,涉及蛋白激酶B(AKT1)、雌激素受体α(ESR1)、B淋巴细胞瘤2(BCL2)、表皮生长因子受体(EGFR)等基因.KEGG通路富集分析显示,癌症相关通路、磷脂酰肌醇-3-激酶-蛋白激酶 B(PI3K-AKT)信号通路、EGFR-TKIs耐药通路等可能在淫羊藿素治疗NSCLC EGFR-TKIs耐药的过程中起关键作用.GO富集分析显示,细胞功能涉及信号传导、凋亡过程的负调控、DNA转录的正调控等.分子对接显示淫羊藿素与各核心靶点均具有较强的结合能力.细胞实验表明,淫羊藿素抑制耐药细胞的增殖、集落形成、迁移、侵袭及促进细胞凋亡,并下调ESR1、AKT1、EGFR等mRNA表达水平以及PI3K-AKT通路磷酸化磷脂酰肌醇-3-激酶(p-PI3K)、磷酸化蛋白激酶B(p-AKT)的关键蛋白水平.结论 淫羊藿素可能通过多靶点调控PI3K-AKT通路抑制EGFR-TKIs耐药细胞的增殖、集落形成、迁移、侵袭及促进细胞凋亡,从而发挥抗NSCLC EGFR-TKIs耐药的作用.
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编辑人员丨1周前
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基于UPLC-TOF-MS结合网络药理学探究大黄甘草汤通便止呕作用机制
编辑人员丨1周前
目的 探究大黄甘草汤(DG)通便止呕的作用机制.方法 运用UPLC-TOF-MS对DG化学成分进行定性分析,结合网络药理学探讨DG发挥通便止呕功效的潜在作用机制和物质基础,并运用分子对接技术进行验证.结果 UPLC-TOF-MS法采用正负离子扫描模式,根据数据库比对和文献数据从DG水煎液中共鉴定27个化合物.网络药理学分析表明DG通便止呕功效的关键成分可能为木犀草素、圣草酚、甘草次酸、大黄素等;关键靶点可能为AKT1、IL6、IL1B、TP53、TNF、EGFR;关键通路可能为胃癌、结直肠癌、IL-17、TNF、HIF-1等信号通路.有效成分与核心靶点分子对接结果良好.结论 该研究较全面地阐明了DG水煎液的化学成分,明确了DG通过减轻炎症状态、促进肠道运动等作用发挥通便止呕的功效,可为DG的进一步质量评价和临床研究提供参考.
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编辑人员丨1周前
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基于网络毒理学及实验验证探讨槟榔对口腔黏膜下纤维化的影响
编辑人员丨1周前
目的 基于网络毒理学方法和体内实验验证探讨槟榔对口腔黏膜下纤维化的影响及作用机制.方法 通过TCSMP和Swiss数据库筛选槟榔潜在活性成分对应靶点,利用GeneCards、Disgenet数据库得到口腔黏膜下纤维化(oral submucosal fibrosis,OSF)疾病相关靶点.将交集靶点上传至STRING数据平台构建蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络,再采用Metascape数据平台进行基因本体(gene ontology,GO)功能和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析.采用槟榔水提取液低、中、高浓度干预大鼠口腔黏膜,大鼠开口度、病理形态学、免疫组织化学等检测对网络毒理学结果进行验证.结果 网络毒理学结果表明槟榔 52个成分中含有 587个相关靶点,OSF相关靶点 761个,二者交集靶点 72个.PPI网络分析结果显示,白细胞介素-6(interleukin-6,IL-6)、肿瘤坏死因子(tumor necrosis factor,TNF)、基质金属蛋白酶-9(matrix metalloproteinase-9,MMP-9)、细胞凋亡调节因子Bcl-2(apoptosis regulator Bcl-2,BCL2)、表皮生长因子受体(epidermal growth factor receptor,EGFR)、细胞肿瘤抗原p53(cellular tumor antigen p53,TP53)可能是槟榔影响OSF的关键靶点.KEGG通路富集分析获得PI3K-Akt信号通路、AGE-RAGE信号通路、松弛素信号通路、EGFR酪氨酸激酶抑制剂耐药等信号通路.动物实验结果显示,中、高剂量组开口度值较对照组、低剂量组差异有统计学意义(P<0.05),HE染色、Masson染色表明中、高剂量组出现不同程度的纤维化病变,免疫组织化学结果提示槟榔水提取液上调IL-6、TNF-α等炎性因子,且呈一定的剂量相关性.结论 槟榔可能通过上调IL-6、TNF-α等关键炎性因子以介导炎症反应诱导口腔黏膜下纤维化的发生.
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编辑人员丨1周前
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基于网络药理学和分子对接探究姜黄素治疗糖尿病视网膜病变的药效机制
编辑人员丨1周前
目的:应用网络药理学及分子对接的相关理论方法探究姜黄素治疗糖尿病视网膜病变(DR)的作用机制。方法:利用SEA及SwissTargetPrediction数据库在线预测化合物作用的靶点;通过CTD数据库提供与疾病相关的各种靶点;运用Venny数据库映射匹配不同基因,并取二者交集;采用GeneMANIA数据库构造出交集基因的蛋白互作网络图,采用Cystoscape软件进行更精确的分析和可视化,借助WebGestalt数据库进行富集分析,最后利用AutoDock Vina对核心靶点进行分子对接。结果:得到姜黄素作用靶点52个,DR对应的靶点1 599个,共同作用的靶点48个。核心靶点为丝氨酸/苏氨酸-蛋白激酶1(AKT1)、肿瘤坏死因子α(TNF-α)、表皮生长因子受体(EGFR)、信号转导及转录激活因子3(STAT3)以及热休克蛋白90α家族A类成员1(HSP90AA1)。富集分析结果显示,这些靶点主要与EGFR酪氨酸激酶抑制剂耐药性信号通路、缺氧诱导因子1(HIF-1)信号通路、白细胞介素-17(IL-17)信号通路以及晚期糖基化终末产物-晚期糖基化终末产物受体(AGE-RAGE)信号通路等有关。结论:姜黄素可能通过调控多条信号通路来抑制炎症反应和对抗氧化应激等过程,从而发挥治疗DR的作用。
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编辑人员丨1周前
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基于网络药理学及分子对接探讨越鞠丸治疗功能性消化不良分子机制
编辑人员丨1周前
目的:基于网络药理学方法和分子对接技术,探讨越鞠丸治疗功能性消化不良(functional dyspepsia,FD)的作用机制。方法:检索TCMSP筛选出越鞠丸的化学成分及其作用靶点,利用HERB、BATMAN-TCM数据库结合文献对越鞠丸有效成分靶点进行补充。通过GeneCards数据库、OMIM数据库筛选出FD靶点,将二者靶点取交集利用String平台进行蛋白质相互作用分析,构建蛋白相互作用网络。利用Metascape平台进行GO及KEGG通路富集分析,通过Cytoscape 3.7.2软件构建“越鞠丸成分-FD靶点-通路”网络,运用在线作图工具获取越鞠丸与FD及其相关发病机制的交集靶点韦恩图,利用AutoDock软件进行分子对接。结果:越鞠丸治疗FD的主要有效成分为槲皮素、汉黄芩素、木犀草素、山柰酚等,主要靶点有AKT1、MAPK1、JUN、RELA、IL6、BCL2、BAX、MAPK8、EGFR、ESR1等,分子对接结果显示靶点与药物活性成分结合能力较好。GO富集分析得到生物学过程2 273个,分子功能152个,细胞组成91个条目。KEGG富集分析结果显示有344条通路与FD相关,主要有PI3K-Akt信号通路、AGE-RAGE通路、IL-17信号通路等。结论:越鞠丸可能通过AKT1、MAPK1、JUN、RELA、IL6、BCL2、BAX、MAPK8、EGFR、ESR1等靶点,调控PI3K-Akt信号通路、AGE-RAGE信号通路和IL-17信号通路来达到治疗FD的作用。
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编辑人员丨1周前
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长链非编码RNA LBX2-AS1通过表皮生长因子受体信号通路调控胶质瘤细胞增殖、迁移及凋亡的研究
编辑人员丨1周前
目的:探讨长链非编码RNA(lncRNA)LBX2-AS1通过表皮生长因子受体(EGFR)信号通路调控胶质瘤细胞增殖、迁移及凋亡的机制。方法:2018年4月至2021年8月,将脑胶质瘤U251细胞(简称U251细胞)分为对照组和观察组,每组4株,对照组采用常规培养,观察组利用靶向LBX2-AS1的特异性小干扰RNA(siRNA)转染。采用四甲基偶氮唑盐法检测U251细胞增殖能力,划痕实验检测U251细胞转移率,流式细胞仪检测U251细胞凋亡率,蛋白印迹法检测U251细胞总蛋白及血管内皮生长因子(VEGF)、磷酸化磷酸肌醇3激酶(p-PI3K)、磷酸化蛋白激酶B(p-Akt)、磷酸化Ras(p-Ras)和磷酸化Raf(p-Raf)蛋白的表达。结果:观察组U251细胞增殖能力、转移率明显低于对照组[(27.15 ± 1.38)%比(63.54 ± 2.47)%、(37.09 ± 3.74)%比(82.17 ± 9.24)%],U251细胞凋亡率明显高于对照组[(69.17 ± 5.83)%比(17.58 ± 1.22)%],差异有统计学意义( P<0.01)。观察组U251细胞总蛋白及VEGF、p-PI3K、p-Akt、p-Ras、p-Raf蛋白表达水平明显低于对照组(1.52 ± 0.23比2.39 ± 0.31、0.73 ± 0.08比1.68 ± 0.45、0.57 ± 0.11比1.89 ± 0.31、0.68 ± 0.06比1.74 ± 0.51、0.84 ± 0.12比1.99 ± 0.63和0.71 ± 0.08比1.52 ± 0.37),差异有统计学意义( P<0.01)。 结论:lncRNA LBX2-AS1在胶质瘤细胞中高表达,沉默lncRNA LBX2-AS1的表达通过EGFR通路抑制脑胶质瘤细胞的增殖和转移。
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编辑人员丨1周前
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乙酰半乳糖氨基转移酶7对前列腺癌细胞迁移、侵袭和增殖的作用及机制
编辑人员丨1周前
目的:探讨N-乙酰半乳糖氨基转移酶7(GALNT7)对前列腺癌细胞迁移、侵袭和增殖的作用及分子机制。方法:选取2019年1月至2022年1月在天津市第五中心医院和延边大学附属医院泌尿外科行前列腺手术的30例前列腺癌患者的癌组织为研究对象,采用免疫组织化学染色、蛋白质免疫印迹(Western blot)和实时荧光定量聚合酶链反应(qRT-PCR)检测前列腺癌组织GALNT7的表达水平。通过细胞计数试剂盒(CCK-8)法、5-溴脱氧尿嘧啶核苷(BrdU)掺入实验、划痕实验检测细胞迁移、侵袭和增殖能力;采用VVA凝集素pull-down实验和Western blot检测GALNT7对表皮生长因子受体(EGFR)磷酸化、O-GlcNAc糖基化修饰的影响,及EGFR/磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)/蛋白激酶B(Akt)信号通路的表达水平。组间差异采用配对 t检验或方差分析(ANOVA)。 结果:前列腺癌组织中GALNT7蛋白和RNA表达水平(7.86±1.64、9.49±2.34)明显高于癌旁组织(0.98±0.25、0.99±0.33),差异有统计学意义( t=13.080、11.390, P<0.05)。CCK-8法检测结果显示Ad-GALNT7组细胞增殖能力显著高于Ad-GFP组(1.14±0.35比0.76±0.19, t=8.287, P<0.05)。Ad-GALNT7组BrdU阳性比例明显高于Ad-GFP组(42.36±5.19比14.68±3.12, t=6.091, P<0.05)。划痕实验证明Ad-GALNT7组前列腺癌细胞的迁移侵袭能力明显高于Ad-GFP组(84.80±3.96比58.34±2.19, t=11.860, P<0.05)。Western blot结果显示,si-GALNT7组EGFR磷酸化显著低于si-GFP组(1.03±0.26比2.68±0.57, t=3.693, P<0.05)。VVA凝集素pull-down实验,发现si-GALNT7组EGFR O-GlcNAc糖基化修饰水平显著低于si-GFP组(0.55±0.13比1.00±0.27, t=4.570, P<0.05)。 结论:GALNT7在前列腺癌中表达显著增加,并通过O-GlcNAc糖基化修饰EGFR,激活EGFR/PI3K/Akt信号通路,促进前列腺癌细胞的迁移、侵袭和增殖。
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编辑人员丨1周前