南洋鼠(Chiromyscus langbianis)是亚洲特有的一种树栖鼠类,其属级分类一直存在争议,不同的分类系统将其归入白腹鼠属(Niviventer)或费氏树鼠属(Chiromyscus),影响了对其生物学特性的认识.本研究旨在通过测定和分析南洋鼠的线粒体基因组,探讨其线粒体基因组结构特征,并利用近邻相接法(neighbor-joining method,NJ)和最大似然法(maximum likeli-hood method,ML)构建22个近缘物种线粒体基因组的系统发育树,厘清南洋鼠的属级分类关系.结果表明,南洋鼠线粒体基因组总长度为16 288 bp,包含22个tRNA基因、13个蛋白编码基因、2个rRNA基因和一段非编码区(non-coding region,NCR),线粒体基因组碱基组成为 A 36.6％、T 28.9％、G 15.0％和 C 19.5％,AT 偏斜(AT-skew)为 0.092,GC 偏斜(GC-skew)为-0.337.在22个tRNA基因中,除tRNASer(AGY)缺少D环外,其余的21个tRNA基因均能够折叠成典型的三叶草结构.同时,部分tRNA基因,如tRNAPhe出现了A-A,tRNAVa1、tRNALeu、tRNAI1e出现了C-U等非经典配对,以维持tRNA二级结构的稳定性.基于近邻相接法和最大似然法构建的系统发育树表明,南洋鼠与费氏树鼠属的亲缘关系更近.进一步基于线粒体Cytb和Cox1构建的系统发育树及遗传距离分析结果,均支持南洋鼠划入费氏树鼠属.本研究为南洋鼠的分类地位和系统发育关系提供了分子证据,也为其种群遗传学的研究提供了数据参考.

为探讨粗叶悬钩子(Rubus alceifolius)叶绿体基因组特征及其与同科属植物叶绿体基因组的系统发育关系,本研究采用Illumina HiSeq 4000平台对粗叶悬钩子叶绿体基因组进行了测序、组装和注释,并对其序列特征、密码子偏好性、重复序列、简单重复序列(simple sequence repeats,SSR)和系统发育进行分析.结果表明,粗叶悬钩子叶绿体基因组总长度为156 266 bp,呈典型的四分体结构,包括大单拷贝区85 874 bp、小单拷贝区18 850 bp和反向互补重复区25 771 bp;共含有基因128个,其中蛋白质编码基因86个,tRNA基因34个,rRNA基因8个.密码子偏好性分析表明,亮氨酸(Leu)的密码子数量最多(5 189个),而半胱氨酸(Cys)的密码子数量最少(590个).从粗叶悬钩子叶绿体基因组中共检测出39个长重复序列及52个SSR位点.系统发育分析表明,粗叶悬钩子与七裂叶悬钩子(Rubus reflexus var.lanceolobus)、越南悬钩子(Rubus co-chinchinensis)、棕红悬钩子(Rubus rufus)聚为一支,亲缘关系最密切.本研究为蔷薇科(Rosaceae)悬钩子属(Rubus)植物的分子标记、物种鉴定、亲属关系解析和遗传多样性分析等研究提供科学依据.

为科学评估黄河鮈(Gobio huanghensis)种质资源状况,进一步加强其种质资源保护工作,本研究在连续3年开展黄河宁夏段资源调查的基础上,同期定点采集青铜峡坝上南长滩村、余丁乡和坝下梅家湾村、月牙湖乡、红崖子乡等5个不同地理群体样本,基于线粒体cox1基因序列及生物信息学分析探讨其遗传多样性和系统发育关系.研究结果表明,在长度为1 428 bp的cox1基因序列区域共检测到162个多态位点,界定了26个单倍型;5个群体中除南长滩群体具有"低Hd低Pi"(Hd:0.468;Pi:0.000 62)特点外,其余群体均呈现出"高Hd 高Pi"(Hd:0.721～0.840;Pi:0.009 18～0.035 88)的分布特点,且青铜峡坝上与坝下群体间具有显著的遗传分化(P＜0.05),尤其南长滩、余丁乡2个群体与月牙湖群体达到了种群分化水平;系统发育分析显示黄河鮈与蛇鮈(Saurogobio dabryi)亲缘关系最近.综上所述,结合历年资源调查结果推测,黄河鮈因青铜峡大坝形成了明显的种群地理阻隔,因此建议将黄河鮈划分为青铜峡坝上与坝下2个地理种群,在加强原地保护的基础上,通过人工繁育、增殖放流等人工干预措施,促进坝上、坝下种质资源基因交流,以有效恢复和保护黄河鮈这一珍贵种质资源.

目的:研究海盐弗朗西斯菌( Francisella salimarina)的系统发育和毒力基因分布情况。 方法:纳入GenBank数据库中的相关基因组数据，对海盐弗朗西斯菌及邻近菌种进行系统发育分析，分析16S rRNA基因、 rpoB基因、 mdh基因等单个基因与核心基因组系统发育的一致性，基于毒力因子数据库和抗生素耐药基因数据库注释并分析毒力基因及耐药基因。以蜃楼弗朗西斯菌( Francisella philomiragia) ATCC 25015 T为参考，采用大蜡螟幼虫感染试验评估海盐弗朗西斯菌的毒力。 结果:海盐弗朗西斯菌在系统发育上与蜃楼弗朗西斯菌亲缘关系最为相近。系统发育树比较发现， mdh基因系统发育树与核心基因组系统发育树高度相似。而单基因系统发育分析显示，基于16S rRNA基因和 mdh基因序列分析均能鉴别海盐弗朗西斯菌及邻近菌种，但 mdh基因具有更强的区分能力。8株海盐弗朗西斯菌共检出多种毒力基因，主要与分泌系统、黏附、免疫调节、运动和应激生存相关。此外，8株菌均检测到β-内酰胺类耐药基因 blaFPH。该菌在大蜡螟幼虫感染试验中表现出较高的致死能力，与蜃楼弗朗西斯菌ATCC 25015 T相近。 结论:海盐弗朗西斯菌是一种致病能力与蜃楼弗朗西斯菌相近的罕见病原体， mdh基因可作为快速鉴定海盐弗朗西斯菌的分子靶标。

目的:了解绵阳地区的流感样病例患者的鼻病毒(human rhinovirus，HRV)流行情况及病原特征。方法:收集2021—2022年绵阳地区哨点医院呼吸道感染且诊断为流感样病例(influenza-like illness，ILIs)患者的咽拭子，采用实时荧光定量PCR技术对16种常见病原体进行检测。巢氏PCR扩增HRV阳性样本的VP4/VP2编码区基因。从GenBank数据库下载国内外各血清型代表株进行系统发育、一致性及氨基酸变异分析。结果:共采集绵阳地区ILIs样本332例，病毒检出率为58.73%(195/332)。其中HRV阳性样本23例，检出率为6.92%(23/332)，成功扩增出18条HRV流行株序列。经比对发现绵阳地区ILIs病例流行的HRV涉及13种血清型，分属于HRV-A(12种)、HRV-B(5种)和HRV-C(1种)3种基因型。同源性分析表明其核苷酸和氨基酸相对保守，但与参考株相比，HRV-A型和HRV-B型存在多处变异。结论:HRV是2021—2022年绵阳地区ILI感染的病原体之一，以HRV-A型为主。

开展HIV传播簇探测，及时、精准实施公共卫生应对和干预，是结束艾滋病流行的重要途径和方法。传播簇风险测量指标可分为基于传播簇既往增长的指标、基于传播簇成员特征分析的指标以及基于传播簇系统进化分析的指标三类。依据传播簇风险测量指标识别风险传播簇，将卫生服务拓展至与传播簇关联的尚未感染HIV者、既往确诊和尚未确诊的HIV感染者，可实现精准干预。本文对现有的HIV分子传播簇风险测量指标及其公共卫生应对措施进行综述，为我国艾滋病精准防控提供参考。

目的:了解甘肃省迭部县犬利什曼原虫虫种类型和种系发育关系，为探索犬源型内脏利什曼病防控新方法提供依据。方法:提取8份甘肃省迭部县洛大行政村无症状感染利什曼原虫犬血液样本DNA，采用PCR法扩增分离核糖体内转录间隔区1（ITS-1）基因片段，对扩增的目的片段进行基因测序；采用MEGA 7.0软件进行多序列比对，并经邻接法构建系统发育树，分析甘肃省迭部县犬利什曼原虫种系发育关系。结果:8份无症状感染利什曼原虫犬血液样本均扩增出约320 bp的片段，与目标序列ITS-1大小一致。ITS-1序列比对显示，8份样本与婴儿利什曼原虫MG969403、MN648755虫株序列同源性为99.1% ~ 100.0%；系统发育树显示，8份样本均与婴儿利什曼原虫聚为一支。结论:甘肃省迭部县8份无症状感染利什曼原虫犬血液样本的原虫种型均为婴儿利什曼原虫。

近年来，随着抗菌药物的滥用，全球范围内的多重耐药菌逐年增加。对细菌进化规律的探究可能是解决这一问题的关键。高通量测序，又称为下一代测序（NGS），可以合理利用细菌全基因组所蕴含的强大信息，在细菌进化规律的探索中展现出前所未有的分辨能力。本文主要就NGS的概述及其在细菌进化分析方面的研究与进展进行简要综述。

Objective::To characterize and compare the microbiome signature in the maternal, intrauterine, and fetal environments and the associated bacterial species in women who experienced preterm birth and term birth.Methods::A total of 140 women with singleton pregnancies were enrolled in this study. Among them, 31 experienced spontaneous preterm delivery (gestational age < 37 weeks), and 28 of them experienced vaginal delivery at term. Maternal peripheral blood, saliva, and vaginal discharge samples and fetal membrane, amniotic fluid, and cord blood samples were collected immediately after delivery under sterile conditions. DNA was isolated from the fetal membrane and umbilical cord blood samples, and the V3-V4 region of the bacterial 16S rRNA gene was sequenced. The sequence data were quality-filtered, chimera-checked, and organized into operational taxonomic units (OTUs) based on phylogeny. Principal coordinate analysis of beta diversity measures was used for visualization. The linear discriminant analysis effect size (LEfSe) algorithm and Wilcoxon test were used to differentiate the microbiomes found in the fetal membranes and cord blood in the cases of preterm birth.Results::OTU analysis based on the 16S rRNA gene showed similar microbiomes in the maternal peripheral blood, amniotic fluid, fetal membranes, and cord blood. However, the LEfSe algorithm revealed significantly different bacterial compositions in the fetal environment between the preterm and term groups, with some of the bacterial species originating from the maternal peripheral blood or saliva.Conclusions::The bacteria in the intrauterine and fetal environments may originate from other body sites through hematogenous transmission, and may cause the occurrence of preterm birth.

目的:分析我国急性乙型肝炎（乙肝）病例HBV基因型流行病学分布特征。方法:收集2015-2017年中国疾病预防控制信息系统报告的急性乙肝病例620例，通过巢式PCR扩增获得全长HBV基因组，构建系统发育树确定HBV基因型，结合基础资料分析HBV基因型的分布情况。结果:在620例急性乙肝病例中，成功分型519例（83.71%，519/620），包括A型（0.19%，1/519）、B型（27.17%，141/519）、C型（62.04%，322/519）、D型（9.06%，47/519）、I型（0.77%，4/519）和CD重组型（0.77%，4/519）；2个主要的基因亚型为B2（95.03%，134/141）和C2（72.67%，234/322）。基因型在我国7个地区分布不同，C型在东北（94.55%，52/55）、华北（93.85%，61/65）、华东（78.87%，56/71）和华南地区（58.14%，50/86）的比例较高，B型在华中（58.07%，36/62）和西南（52.94%，45/85）地区的比例较高，西北地区的D型（48.42%，46/95）比例较高；共有515例成功获得血清型，包括adr（57.48%，296/515）、adw（30.87%，159/515）、ayr（0.19%，1/515）、ayw（11.46%，59/515）。B型以adw血清型（92.14%，129/140）为主，C型以adr血清型（91.88%，294/320）为主，D型均为ayw血清型；不同性别、年龄组中，基因型分布差异无统计学意义（ P>0.05）。 结论:2015-2017年我国急性乙肝基因型以B、C和D型为主，东北、华北、华东和华南地区C型为主；华中、西南地区B、C型均有，B型为主，D型多分布于西北地区；急性乙肝基因型与血清型存在相关性，B型以adw血清型为主，C型以adr血清型为主，D型均为ayw血清型；不同性别和年龄组中急性乙肝基因型分布无差异。