目的:分析导管相关性血流感染草螺菌属的鉴定和药敏试验过程，提高临床医师和微生物检验工作者对罕见病原微生物关注和认知。方法:采集1例慢性肾衰竭血液透析患者经透析导管留取的血培养阳性标本，涂片、染色、镜检，并对分离到单个菌落，分别进行质谱分析、生化鉴定和药敏试验；提取细菌基因组DNA，扩增细菌16S rDNA并测序；细菌基因组高通量测序。结果:血培养瓶孵育20 h后阳性报警，涂片见革兰阴性杆菌。血琼脂上孵育16 h，见乳白色、凸起和无溶血菌落。VITEK2 Compact鉴定为洋葱伯克霍尔德菌，N335药敏卡检测药敏结果，发现该菌对氨曲南和多黏菌素耐药，其余抗生素均敏感。VITEK MS质谱仪临床数据库无法鉴定出种属，VITEK MS科研数据库鉴定为 Herbaspirillum huttiense/Herbaspirillum aquaticum。该菌16S rDNA与草螺菌属 Herbaspirillum huttiense、Herbaspirillum aquaticum一致性均>99%。细菌基因组高通量测序，发现本例临床分离株与Genbank数据库中 Herbaspirillum huttiense subsp putei IAM 15032同源性为100%，证实本例分离株为 Herbaspirillum huttiense。 结论:环境微生物演变成人类病原菌种类不断增多，草螺菌属因其生化特性与其他菌种相似，极易被误鉴定，需引起检验工作者的重视。

目的:研究多重耐药霍氏肠杆菌霍夫曼亚种临床分离株C37携带 blaNDM-1基因质粒的遗传特征，并对目前可公开获得的66个霍氏肠杆菌霍夫曼亚种的核心基因组进行系统发育分析，以研究霍氏肠杆菌霍夫曼亚种的全球流行情况。 方法:收集2014年8月至2021年8月中山大学附属第一医院分离的耐碳青霉烯阴沟肠杆菌复合物（CRECC）。采用基质辅助激光解析电离飞行时间质谱技术（MALDI-TOF MS）和16S rRNA Sanger测序对C37进行菌种鉴定。使用微量肉汤稀释法进行抗菌药物敏感性试验。采用聚合酶链反应（PCR）检测C37菌株携带的β内酰胺酶耐药基因和质粒介导的喹诺酮类耐药（PMQR）基因。使用接合试验确认C37菌株抗性基因的接合转移性。对C37菌株进行全基因组测序，提取霍氏肠杆菌霍夫曼亚种的核心基因组，对目前可公开获得的66个霍氏肠杆菌霍夫曼亚种进行系统发育分析。结果:霍氏肠杆菌霍夫曼亚种C37菌株对三代头孢、碳青霉烯类、氨基糖苷类及喹诺酮类抗菌药物耐药，携带 blaACT-5、 blaNDM-1、 qnrA1、 aac（ 6′） -Ib-cr、 oqxAB、 fosA、 dfrA15等多种抗性基因及IncX3、IncX4、IncFIB和IncFII质粒。多位点序列分型（MLST）分析显示其属于阴沟肠杆菌复合体（ECC）ST78型。系统发育分析显示ST78型霍氏肠杆菌霍夫曼亚种与碳青霉烯耐药基因传播密切相关。 结论:ST78型霍氏肠杆菌霍夫曼亚种与碳青霉烯耐药基因传播密切相关，是传播碳青霉烯耐药基因的高风险克隆，需密切监测其流行情况。

目的:比较甲真菌病患者病甲与健康甲细菌和真菌微生物菌群差异。方法:收集2020年8月至2021年6月于大连市皮肤病医院门诊就诊的31例甲真菌病患者的病甲及健康甲的甲屑样本，提取甲屑菌群总DNA，以细菌16S rDNA的V3-V4区序列及真菌内转录间隔区（ITS）作为目标序列进行基因扩增及Illumina测序，对所测序列采用USEARCH和mothur软件进行OTU聚类分析，采用Wilcoxon rank sum test方法进行α多样性分析，采用相似性分析（Anosim）进行β多样性分析，采用LEFSe方法进行物种差异分析。结果:入组甲真菌病患者31例，男16例，女15例，按年龄分青年组（18 ~ 35岁）10例，中年组（36 ~ 60岁）11例，老年组（大于60岁）10例。α多样性分析显示，病甲组标本Shannon指数明显低于健康甲组（ W = 290， P = 0.007），而Simpson指数明显高于健康甲组（ W = 663， P = 0.010），病甲组细菌菌群的多样性及均匀度低于健康甲组，病甲在真菌菌群的多样性与健康甲无明显区别。β多样性分析显示，基于unweighted-unifrac距离矩阵分析结果，病甲组与健康甲组细菌和真菌微生物的组成差异无统计学意义（细菌菌群： R = 0.0052， P = 0.331；真菌菌群： R = 0.0036， P = 0.337）；基于weighted-unifrac距离矩阵分析结果，病甲组与健康甲组在细菌菌群及真菌菌群的丰度方面差异均有统计学意义（均 P = 0.001）。在物种组成上，病甲组较健康甲组丰度显著降低的细菌菌群有拟杆菌门及变形菌门、β-变形菌纲、伯克氏菌目、罗尔斯顿菌属、鞘氨醇单胞菌属、链球菌属，而芽孢杆菌纲、芽孢杆菌目、葡萄球菌属明显高于健康甲组。病甲组显著升高的真菌菌群有散囊菌纲、爪甲团囊菌目、未分类锤舌菌目、关节皮肤真菌科、黑团孢属、白粉菌属、铁艾酵母属、毛癣菌属、十字花科白粉菌、红色毛癣菌、合轴马拉色菌，而酵母菌纲-酵母菌目-酵母菌科、隐囊菌科、念珠菌、链格孢菌较健康甲组显著降低。 结论:甲真菌病患者病甲与健康甲细菌菌群的多样性及丰度均有明显的差异，真菌菌群仅丰度存在一定的差异，其中某些真菌和细菌菌属可能具有相关性。

目的:分析卷丹鳞叶、根的内生真菌和根际土真菌的群落结构,预测药用部位鳞叶内生真菌的生态功能,从而挖掘出与卷丹活性成分密切相关的功能类群.方法:利用Illumina MiSeq测序技术对卷丹鳞叶、根的内生真菌和根际土真菌内源转录间隔区(ITS)的 rDNA 进行序列测定,并在 FUNGuild 软件中利用操作分类单元(OTUs)对鳞叶内生真菌群落进行功能分类.结果:①子囊菌门和担子菌门是卷丹的优势菌门,毛孢子菌属和镰刀菌属是鳞叶的优势菌属,其中毛孢子菌属在鳞叶中的丰度显著高于根和根际土.②卷丹鳞叶内生真菌被划分为8 个功能类群,分别为未定义腐生菌、植物病原菌、植物内生菌-植物病原菌、动物病原菌-未定义腐生菌、外生菌根、垫料腐生菌-未定义腐生菌、植物内生菌-未定义腐生菌和木腐生菌,未定义腐生菌为最优势的类群,OTUs主要归属于炭垫菌属.结论:毛孢子菌属和镰刀菌属可能与卷丹药用部位的活性成分密切相关.

为研究贵州天麻主产区蜜环菌的生物种及其遗传多样性,在贵州天麻主产区采集蜜环菌样本,利用双抗培养基分离菌索或子实体、菌材,定期观察并统计蜜环菌母种及原种的生物学特性;挑取菌索提取总DNA,利用真菌通用引物 ITS和延伸因子 EF1-α基因扩增 rDNA-ITS、rDNA-EF1-α片段并送测序及鉴定;用DNAStar软件进行GC含量分析及多序列比对,用MEGA软件构建进化树.从贵州毕节各县区、黔东南州雷山县等分离到17 株蜜环菌,并与生产上普遍用的A9、京234 做比较,通过生物学特性初步分析各蜜环菌的形态差异;通过rDNA-ITS、rDNA-EF1-α扩增,得到19 株菌株的rDNA-ITS、rDNA-EF1-α完整序列,经GC含量分析、多序列比对、BLAST比对鉴定以及系统发育分析,将19 株菌株分为3 个种.通过对蜜环菌菌株生物学特性及rDNA-ITS、rDNA-EF1-α序列分析,发现贵州天麻主产区蜜环菌野生资源主要为Armillaria sp.,其次为Armillar-ia mellea、Armillaria gallica.

从长白山自然保护区苔原带典型植物牛皮杜鹃、毛毡杜鹃、笃斯越橘、仙女木的根系分离获得深色有隔内生真菌(DSE)菌株,研究其侵染定殖情况.采用形态特征与rDNA ITS序列分析相结合进行分类鉴定,研究了 4种苔原植物的DSE真菌群落组成和物种多样性.结果表明:4种苔原植物的根系内均形成DSE的典型结构"微菌核".共分离出69株DSE菌株,分属于10个属12个种,分别是福廷瓶头霉、链格孢、细极链格孢、黑附球菌、小孢金丝酵母、白蜡树炭疽菌、茶树炭疽菌、小球腔菌属、枝状枝孢霉、茎点霉属、淡领瓶霉属、Discosia italica,具有丰富的物种多样性,且所有种均为我国高山苔原带首次报道的DSE真菌,其中福廷瓶头霉为各苔原植物的共有种和优势种.4种苔原植物DSE真菌的Simpson、Pielou和Shannon多样性指数均差异显著.表明苔原植物具有丰富的DSE真菌多样性,且二者能够形成良好的共生关系,增强苔原植物对环境的适应性.

[目的]对链霉菌Streptomyce sp.FIM18-0592 进行菌种鉴定,并对其胞外格尔德霉素产量进行发酵工艺优化,旨在提高产量并降低发酵成本.[方法]通过形态特征、培养特征和生理生化特性,结合 16S rDNA序列分析构建系统发育树进行菌种鉴定;采用单因素试验优化培养条件及培养基配方,进一步使用最陡爬坡试验和响应面试验优化培养基配方的含量.[结果]通过对链霉菌FIM18-0592 的形态特征、培养特征及生理生化特征进行初步培养观察发现,其在ISP2 等培养基上生长较好,气生菌丝旺盛,产黑色素.结合 16S rDNA分子鉴定,确定该菌为格尔德霉素链霉菌(Streptomyces geldanamycininus).通过单因素试验对发酵条件以及培养基配方进行优化,得到最适宜菌株发酵的培养条件为转速 140 r/min、装液量 12%(体积分数)、接种量 7%(体积分数)、培养时间 144 h.最佳的碳源、氮源、无机盐分别为葡萄糖、黄豆饼粉和硫酸铵.采用最陡爬坡试验和响应面优化试验确定了其最优的发酵培养基为:葡萄糖 10.42%、黄豆饼粉 1.68%、硫酸铵 0.3%、乳酸 0.3%、甘油 4%、硫酸镁 0.1%、碳酸钙 0.4%,在此条件下,格尔德霉素的发酵效价达到 2 887 μg/mL,较原始发酵工艺效价提高了 66%.[结论]链霉菌FIM18-0592 为格尔德霉素链霉菌,通过对其发酵工艺进行优化显著提高格尔德霉素的产量,为格尔德霉素及其衍生物的开发和利用奠定基础.

从贵州黔南布依族苗族自治州和黔西六盘水市农家自制腊肉表面分离得到的霉菌经形态学和基于钙调蛋白基因(calmodulin gene,CaM)、RNA多聚酶Ⅱ第二大亚基基因(DNA-dependent RNA polymerase Ⅱsecond largest subunit gene,Rpb2)和 rDNA ITS1-5.8S-ITS2(ITS)序列的分析,鉴定出曲霉Aspergillus 8种和青霉Penicillium 1种,即堆积曲霉A.cumulatus、黄曲霉A.flavus、灰绿曲霉A.glaucus、詹森曲霉A.jensenii、多育曲霉A.proliferans、伪灰绿曲霉A.pseudoglaucus、田纳西曲霉A.tennesseensis、产毒曲霉 A.venenatus 和橘紫青霉 P.aurantioviolaceum.其中 A.cumulatus、A.venenatus 和 P.aurantioviolaceum 为中国 3 个新记录种.

本研究从贵阳市花溪区的金佛山方竹根际土壤中分离得到盾孢囊霉属的一个新物种:花溪盾孢囊霉.孢子透明至近透明,大小为 187-361×210-378 μm,产孢细胞为浅黄色至淡黄棕色;发芽盾室透明至淡黄棕色,具有 4-8 个裂片;孢子壁有 3 层:3 层外壁层(OWL1-3),2 层中壁层(MWL1-2)和3层内壁层(IWL1-3),OWL2与IWL3在Melzer's试剂中呈深粉色到亮红棕色.基于核rDNA序列[覆盖部分SSU(small subunit)、整个ITS(internal transcribed spacer)和部分LSU(large subunit)区段;SSU-ITS-LSU]的系统发育分析表明,该种位于盾孢囊霉属,且形成独立分支.本研究对该种进行了详细的形态描述和特征图示,并讨论了与其近缘种的鉴别特征.

采用滤纸片法以紫色色杆菌、大肠杆菌和金黄色葡萄球菌等为指示菌对84株分离自红树林底泥的海洋放线菌进行抗菌及抗群体感应活性筛选,再对高活性菌株进行活性复筛以及薄层层析化学多样性分析.结果显示,菌株HN2-56具有很强的抗群体感应活性及较弱的抗菌活性,且代谢产物较为丰富.对该菌的代谢产物进行初步分离及GC-MS分析,从其活性组分中鉴定出13个可能的化合物,且多个化合物具有一定的生物活性.活性验证试验发现,化合物4(二乙基甲苯甲酰胺)和12(莪术烯醇)具有抗群体感应活性.经16S rDNA序列分析,结合形态观察和系统发育分析,将菌株HN2-56鉴定为链霉菌(Streptomyces chumphonesis).该菌株在抗群体感应方面有一定的应用潜力,具有进一步研究的价值.