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目的 研究有吸烟史的口腔白斑病(oral leukoplakia,OLK)患者病损组织microRNA(miRNA)的异常表达,并对差异miRNAs进行癌变相关生物信息学分析.方法 利用人miRNA OneArray?v5.1微阵列芯片检测吸烟组(n=6)和非吸烟组(n=4)OLK石蜡标本间差异表达的miRNA,并运用生物信息学方法从中筛选出与OLK癌变密切相关的目标miRNA,随后对目标miRNA的靶基因进行基因本体数据库(gene ontology,GO)富集分析和KEGG通路分析以预测其可能的作用机制.结果 吸烟组与非吸烟组OLK组织中共检出174个差异表达的miRNAs(P<0.05),其中,39个miRNAs在吸烟组表达上调(log2(FC)≥0.585),135个miRNAs表达下调(log2(FC)≤-0.585).运用生物信息学方法从中筛选出8个与OLK癌变密切相关的目标miRNAs,包括:hsa-miR-6857-5p、hsa-miR-6745、hsa-miR-15a-5p、hsa-miR-363-5p、hsa-miR-6867-3p、hsa-miR-95-3p、hsa-miR-3607-5p、hsa-miR-9500.对上述目标miRNAs的靶基因行GO富集分析,结果显示大部分基因参与调控细胞增殖、凋亡、刺激反应等生物学活动.KEGG通路分析发现上述基因高度相关的作用通路为癌信号通路、PI3K-Akt及FoxO信号通路.结论 吸烟可通过改变OLK组织miRNA表达水平进而改变特定基因功能促进白斑癌变进程.

作者:任倩;谢小燕;何昕;李多

来源:北京口腔医学 2023 年 31卷 6期

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任倩;谢小燕;何昕;李多
来源:
北京口腔医学 2023 年 31卷 6期
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口腔白斑 吸烟 microRNA 微阵列芯片 生物信息学分析 Oral leukoplakia Smoking microRNA Microarray chip Bioinformatics analysis
目的 研究有吸烟史的口腔白斑病(oral leukoplakia,OLK)患者病损组织microRNA(miRNA)的异常表达,并对差异miRNAs进行癌变相关生物信息学分析.方法 利用人miRNA OneArray?v5.1微阵列芯片检测吸烟组(n=6)和非吸烟组(n=4)OLK石蜡标本间差异表达的miRNA,并运用生物信息学方法从中筛选出与OLK癌变密切相关的目标miRNA,随后对目标miRNA的靶基因进行基因本体数据库(gene ontology,GO)富集分析和KEGG通路分析以预测其可能的作用机制.结果 吸烟组与非吸烟组OLK组织中共检出174个差异表达的miRNAs(P<0.05),其中,39个miRNAs在吸烟组表达上调(log2(FC)≥0.585),135个miRNAs表达下调(log2(FC)≤-0.585).运用生物信息学方法从中筛选出8个与OLK癌变密切相关的目标miRNAs,包括:hsa-miR-6857-5p、hsa-miR-6745、hsa-miR-15a-5p、hsa-miR-363-5p、hsa-miR-6867-3p、hsa-miR-95-3p、hsa-miR-3607-5p、hsa-miR-9500.对上述目标miRNAs的靶基因行GO富集分析,结果显示大部分基因参与调控细胞增殖、凋亡、刺激反应等生物学活动.KEGG通路分析发现上述基因高度相关的作用通路为癌信号通路、PI3K-Akt及FoxO信号通路.结论 吸烟可通过改变OLK组织miRNA表达水平进而改变特定基因功能促进白斑癌变进程.

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