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目的:利用生物信息学预测胃癌中 P53诱导相关微小 RNA(miRNA)的靶基因及功能。方法通过胃癌的限定,用在线数据库mir2disease、Gene Expression Atlas缩小目的基因范围。利用在线预测软件miRNA 靶基因数据库 miRGen(v3.0)预测目标miRNA的靶基因。通过在线软件DAVID和Pathway Miner对预测的靶基因数据集进行功能富集和信号转导通路分析。结果胃癌中P53诱导相关miRNA包括miR-21、miR-25、miR-103等,预测miR-21靶基因共1090个,其中在胃癌中下调共115个;Pathway Miner分析显示miR-21的靶基因涉及黏附连接、胰岛素信号转导通路、细胞凋亡、钙信号转导通路、JAK-STAT信号转导途径等。结论 miR-21靶基因涉及多个肿瘤发生、发展相关信号通路。

作者:曹辉;许钟;白班俊;张玲玲

来源:重庆医学 2014 年 34期

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作者:
曹辉;许钟;白班俊;张玲玲
来源:
重庆医学 2014 年 34期
标签:
胃肿瘤 基因,P53 微RNAs 计算生物学 stomach neoplasms genes,P5 3 miRNA bioinformatics
目的:利用生物信息学预测胃癌中 P53诱导相关微小 RNA(miRNA)的靶基因及功能。方法通过胃癌的限定,用在线数据库mir2disease、Gene Expression Atlas缩小目的基因范围。利用在线预测软件miRNA 靶基因数据库 miRGen(v3.0)预测目标miRNA的靶基因。通过在线软件DAVID和Pathway Miner对预测的靶基因数据集进行功能富集和信号转导通路分析。结果胃癌中P53诱导相关miRNA包括miR-21、miR-25、miR-103等,预测miR-21靶基因共1090个,其中在胃癌中下调共115个;Pathway Miner分析显示miR-21的靶基因涉及黏附连接、胰岛素信号转导通路、细胞凋亡、钙信号转导通路、JAK-STAT信号转导途径等。结论 miR-21靶基因涉及多个肿瘤发生、发展相关信号通路。

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