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目的 通过对2016年北京市4例输入性黄热病病毒全基因组深度测序分析,以期对病毒进行溯源、分析疫苗有效性以及防控策略提供分子依据.方法 将荧光PCR检测为阳性的血液、尿液样本利用Ion Torrent PGM平台进行全基因组深度测序,通过MEGA 6.0软件中邻接法进行遗传进化分析,并采用Lasergene Protean软件进行E蛋白氨基酸变异分析及抗原性分析.结果 从首例病人的血液样本和其他3个病例的尿液样本中分别获得了黄热病病毒的全基因组序列.遗传进化树分析结果表明,4例黄热病病毒基因组与安哥拉71株(AY968064)高度同源,相似度分别达99.21%、98.11%、98.02%、98.39%.4例黄热病病毒E蛋白的氨基酸序列与安哥拉71株的序列分析相似度分别达99.6%、99.39%、99.01%、99.59%.4例黄热病病毒E蛋白抗原性与17D疫苗株(X03700)的E蛋白抗原性比较分析无明差异.结论 4例黄热病病毒都是安哥拉流行株类似株,目前使用的17D疫苗具有有效性.

作者:崔淑娟;潘阳;梁志超;李洁;吕燕宁;孙玉兰;窦相峰;田丽丽;黎新宇

来源:国际病毒学杂志 2016 年 23卷 6期

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崔淑娟;潘阳;梁志超;李洁;吕燕宁;孙玉兰;窦相峰;田丽丽;黎新宇
来源:
国际病毒学杂志 2016 年 23卷 6期
标签:
黄热病病毒 全基因组测序 遗传进化树分析 氨基酸突变 Yellow fever virus Whole genome sequencing Phylogenic analysis Amino acid mutation
目的 通过对2016年北京市4例输入性黄热病病毒全基因组深度测序分析,以期对病毒进行溯源、分析疫苗有效性以及防控策略提供分子依据.方法 将荧光PCR检测为阳性的血液、尿液样本利用Ion Torrent PGM平台进行全基因组深度测序,通过MEGA 6.0软件中邻接法进行遗传进化分析,并采用Lasergene Protean软件进行E蛋白氨基酸变异分析及抗原性分析.结果 从首例病人的血液样本和其他3个病例的尿液样本中分别获得了黄热病病毒的全基因组序列.遗传进化树分析结果表明,4例黄热病病毒基因组与安哥拉71株(AY968064)高度同源,相似度分别达99.21%、98.11%、98.02%、98.39%.4例黄热病病毒E蛋白的氨基酸序列与安哥拉71株的序列分析相似度分别达99.6%、99.39%、99.01%、99.59%.4例黄热病病毒E蛋白抗原性与17D疫苗株(X03700)的E蛋白抗原性比较分析无明差异.结论 4例黄热病病毒都是安哥拉流行株类似株,目前使用的17D疫苗具有有效性.

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