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目的:筛选系统性红斑狼疮(systemic lupus erythematosus, SLE)与肺动脉高压(pulmonary arterial hypertension, PAH)患者外周血单个核细胞(peripheral blood monocyte,PBMC)中的共有差异表达基因并分析其功能。方法:在GEO数据库中筛选SLE数据集(GSE50772和GSE81622)和PAH数据集(GSE703和GSE131793);筛选各数据集中的差异表达基因;筛选两组SLE数据集共有的差异表达基因,并利用DAVID进行功能分析;筛选PAH数据集共有差异表达基因并进行功能富集分析;筛选四组数据集中共有差异表达基因,并利用荧光定量PCR在临床样本中进行验证。结果:SLE数据集-GSE50772和GSE81622共筛选出232个共有表达差异基因,其中156个基因表达上调,76个基因表达下调。功能分析显示,差异基因主要参与Ⅰ型干扰素信号通路、病毒基因组复制调控、免疫应答等生物过程;主要分子功能与寡腺苷酸合成酶活性、丝氨酸型肽链内切酶活性、核糖核酸酶活性及蛋白结合相关。PAH数据集-GSE703和GSE131793共筛选出18个表达差异基因。功能分析显示,差异基因主要参与细胞粘附、细胞基质粘附、细胞迁移等生物过程;主要分子功能与锚定蛋白及蛋白结合相关。SLE与PAH数据集共筛选出3个共有差异表达基因:PLSCR1、TCN2、S100A12。荧光定量PCR鉴定结

作者:刘丽;刘瑛琦;郜赵伟

来源:国际免疫学杂志 2024 年 47卷 2期

知识库介绍

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作者:
刘丽;刘瑛琦;郜赵伟
来源:
国际免疫学杂志 2024 年 47卷 2期
标签:
系统性红斑狼疮 肺动脉高压 差异表达基因 功能分析 Systemic lupus erythematosus Pulmonary arterial hypertension Differentially expressed genes Function analysis
目的:筛选系统性红斑狼疮(systemic lupus erythematosus, SLE)与肺动脉高压(pulmonary arterial hypertension, PAH)患者外周血单个核细胞(peripheral blood monocyte,PBMC)中的共有差异表达基因并分析其功能。方法:在GEO数据库中筛选SLE数据集(GSE50772和GSE81622)和PAH数据集(GSE703和GSE131793);筛选各数据集中的差异表达基因;筛选两组SLE数据集共有的差异表达基因,并利用DAVID进行功能分析;筛选PAH数据集共有差异表达基因并进行功能富集分析;筛选四组数据集中共有差异表达基因,并利用荧光定量PCR在临床样本中进行验证。结果:SLE数据集-GSE50772和GSE81622共筛选出232个共有表达差异基因,其中156个基因表达上调,76个基因表达下调。功能分析显示,差异基因主要参与Ⅰ型干扰素信号通路、病毒基因组复制调控、免疫应答等生物过程;主要分子功能与寡腺苷酸合成酶活性、丝氨酸型肽链内切酶活性、核糖核酸酶活性及蛋白结合相关。PAH数据集-GSE703和GSE131793共筛选出18个表达差异基因。功能分析显示,差异基因主要参与细胞粘附、细胞基质粘附、细胞迁移等生物过程;主要分子功能与锚定蛋白及蛋白结合相关。SLE与PAH数据集共筛选出3个共有差异表达基因:PLSCR1、TCN2、S100A12。荧光定量PCR鉴定结

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