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目的 分析肺缺血-再灌注损伤发生的核心基因并构建竞争性内源性RNA(ceRNA)网络.方法 从基因表达综合(GEO)数据库下载GSE145989的原始数据当作训练集,GSE172222和GSE9634数据集作为验证集,并鉴定差异表达基因(DEG).进行基因本体(GO)、京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析.构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,筛选核心基因并分析核心基因的诊断价值、免疫细胞的免疫浸润水平.构建并验证ceRNA网络.分析基于ceRNA网络的靶向药物.结果 共检测到179个DEG,其中61个下调基因,118个上调基因.GO分析结果显示,DEG与细胞迁移、分化和调节等生物学过程有关;与内吞囊泡膜、浆膜和膜筏等细胞成分有关;与趋化因子受体、G蛋白偶联受体、免疫受体活性和抗原结合等分子功能有关.KEGG分析显示DEG参与肿瘤坏死因子(TNF)、Wnt、白细胞介素(IL)-17和核因子(NF)-κB等信号通路.PPI网络提示CD8A、IL2RG、STAT1、CD3G和SYK是肺缺血-再灌注损伤的核心基因.ceRNA网络提示miR-146a-3p、miR-28-5p 和 miR-593-3p 与 CD3G 的表达相关;miR-149-3p、miR-342-5p、miR-873-5p 和 miR-491-5p 与 IL2RG 表达相关;miR-194-3p、miR-512-3p、miR-377-3p 和 miR-590-3p 与 SYK 表达相关;miR-590-3p 和 miR-875-3p 与 CD8A 表达相关;miR-143-5p

作者:李晓凤;唐明政;刘禧禧;宋子晴;张国欣;杨开银;张凌云

来源:器官移植 2024 年 15卷 1期

知识库介绍

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作者:
李晓凤;唐明政;刘禧禧;宋子晴;张国欣;杨开银;张凌云
来源:
器官移植 2024 年 15卷 1期
标签:
肺移植 缺血-再灌注损伤 核心基因 竞争性内源性RNA(ceRNA) 微小RNA 长链非编码RNA 环状RNA 信号通路 Lung transplantation Ischemia-reperfusion injury Core gene Competitive endogenous RNA(ceRNA) Micro RNA Long non-coding RNA Circular RNA Signal pathway
目的 分析肺缺血-再灌注损伤发生的核心基因并构建竞争性内源性RNA(ceRNA)网络.方法 从基因表达综合(GEO)数据库下载GSE145989的原始数据当作训练集,GSE172222和GSE9634数据集作为验证集,并鉴定差异表达基因(DEG).进行基因本体(GO)、京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析.构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,筛选核心基因并分析核心基因的诊断价值、免疫细胞的免疫浸润水平.构建并验证ceRNA网络.分析基于ceRNA网络的靶向药物.结果 共检测到179个DEG,其中61个下调基因,118个上调基因.GO分析结果显示,DEG与细胞迁移、分化和调节等生物学过程有关;与内吞囊泡膜、浆膜和膜筏等细胞成分有关;与趋化因子受体、G蛋白偶联受体、免疫受体活性和抗原结合等分子功能有关.KEGG分析显示DEG参与肿瘤坏死因子(TNF)、Wnt、白细胞介素(IL)-17和核因子(NF)-κB等信号通路.PPI网络提示CD8A、IL2RG、STAT1、CD3G和SYK是肺缺血-再灌注损伤的核心基因.ceRNA网络提示miR-146a-3p、miR-28-5p 和 miR-593-3p 与 CD3G 的表达相关;miR-149-3p、miR-342-5p、miR-873-5p 和 miR-491-5p 与 IL2RG 表达相关;miR-194-3p、miR-512-3p、miR-377-3p 和 miR-590-3p 与 SYK 表达相关;miR-590-3p 和 miR-875-3p 与 CD8A 表达相关;miR-143-5p

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