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目的·分析线粒体相关基因SFXN3(sideroflexin 3)在头颈部鳞状细胞癌(head and neck squamous cell carcinoma,HNSCC)中的表达及其对细胞增殖的影响.方法·从公共数据库获取与线粒体相关的基因和TCGA-HNSCC数据集,使用生物信息学方法筛选出目标基因SFXN3.使用UALCAN数据库分析SFXN3在HNSCC患者样本中的表达,并根据TCGA-HNSCC队列和GEO队列(GSE65858、GSE41613和GSE27020)对不同SFXN3表达水平的患者进行生存分析,使用TCGA-HNSCC队列和GEO队列(GSE40020、GSE210287)在治疗有应答和无应答的患者之间比较SFXN3表达水平差异.通过实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,qRT-PCR)在收集的HNSCC癌和癌旁组织验证SFXN3的表达情况,并检测SFXN3在人正常口腔上皮细胞和HNSCC肿瘤细胞系中的表达水平.构建稳定敲低SFXN3的HNSCC细胞株,使用Incucyte活细胞成像分析系统和平板克隆形成实验观察SFXN3对HNSCC细胞增殖能力的影响.将稳定敲低SFXN3的细胞和对照组细胞的总RNA进行转录组测序,对敲低组相比对照组差异表达下调的基因进行通路富集分析.结果·SFXN3在HNSCC患者肿瘤组织中高表达(P=0.000),SFXN3高表达组患者预后较差(均P<0.05);治疗无应答者SFXN3表达水平高于有应答者(P=0.008),提示不良预后.并且在收集的HNSC

作者:安俊伊;陈必颖;陈循睿;尹姗姗;边洲亮;刘峰

来源:上海交通大学学报(医学版) 2024 年 44卷 4期

知识库介绍

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作者:
安俊伊;陈必颖;陈循睿;尹姗姗;边洲亮;刘峰
来源:
上海交通大学学报(医学版) 2024 年 44卷 4期
标签:
SFXN3 头颈部鳞状细胞癌 线粒体 细胞增殖 SFXN3 head and neck squamous cell carcinoma mitochondria cell proliferation
目的·分析线粒体相关基因SFXN3(sideroflexin 3)在头颈部鳞状细胞癌(head and neck squamous cell carcinoma,HNSCC)中的表达及其对细胞增殖的影响.方法·从公共数据库获取与线粒体相关的基因和TCGA-HNSCC数据集,使用生物信息学方法筛选出目标基因SFXN3.使用UALCAN数据库分析SFXN3在HNSCC患者样本中的表达,并根据TCGA-HNSCC队列和GEO队列(GSE65858、GSE41613和GSE27020)对不同SFXN3表达水平的患者进行生存分析,使用TCGA-HNSCC队列和GEO队列(GSE40020、GSE210287)在治疗有应答和无应答的患者之间比较SFXN3表达水平差异.通过实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,qRT-PCR)在收集的HNSCC癌和癌旁组织验证SFXN3的表达情况,并检测SFXN3在人正常口腔上皮细胞和HNSCC肿瘤细胞系中的表达水平.构建稳定敲低SFXN3的HNSCC细胞株,使用Incucyte活细胞成像分析系统和平板克隆形成实验观察SFXN3对HNSCC细胞增殖能力的影响.将稳定敲低SFXN3的细胞和对照组细胞的总RNA进行转录组测序,对敲低组相比对照组差异表达下调的基因进行通路富集分析.结果·SFXN3在HNSCC患者肿瘤组织中高表达(P=0.000),SFXN3高表达组患者预后较差(均P<0.05);治疗无应答者SFXN3表达水平高于有应答者(P=0.008),提示不良预后.并且在收集的HNSC

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