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目的 对3条人类免疫缺陷病毒(HIV)-1亚型不确定的近似全长基因组序列(NFLG)进行基因镶嵌结构分析.方法 用近末端稀释法、系统发育树和基因重组断点分析等方法对3例男男同性恋(MSM)HIV-1感染病例进行HIV-1 NFLG扩增、基因亚型分析和基因重组图谱分析.结果 Neighbor-joining进化树分析结果显示,3条HIV-1序列均为单独分支,可能是新型重组毒株.jpHMM在线软件和SimPlot v3.5.1软件综合分析结果显示,NFLG 110和NFLG 171分别为CRF07_BC和CRF01_AE,NFLG 150为CRF01_AE和CRF07_BC二代重组毒株.基因重组断点分析结果显示,NFLG 150的重组模式是以CRF07_BC全长基因组为骨架,在gag区和env区分别插入了1个长度约为60和80 bp的CRF01_AE基因片段.结论 在MSM人群中发现1株HIV-1 CRF01_AE/CRF07_BC二代重组毒株,建议持续监测相关性传播,特别是MSM人群HIV-1新型基因重组毒株.

作者:路新利;刘勇;李岩;王莹莹;安宁;刘萌

来源:检验医学 2023 年 38卷 11期

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作者:
路新利;刘勇;李岩;王莹莹;安宁;刘萌
来源:
检验医学 2023 年 38卷 11期
标签:
人类免疫缺陷病毒 二代重组基因 系统发育树 基因重组断点分析 近似全长基因组序列 Human immunodeficiency virus Second-generation recombinant gene Phylogenetic tree Gene recombination breakpoint Near full-length genome sequence
目的 对3条人类免疫缺陷病毒(HIV)-1亚型不确定的近似全长基因组序列(NFLG)进行基因镶嵌结构分析.方法 用近末端稀释法、系统发育树和基因重组断点分析等方法对3例男男同性恋(MSM)HIV-1感染病例进行HIV-1 NFLG扩增、基因亚型分析和基因重组图谱分析.结果 Neighbor-joining进化树分析结果显示,3条HIV-1序列均为单独分支,可能是新型重组毒株.jpHMM在线软件和SimPlot v3.5.1软件综合分析结果显示,NFLG 110和NFLG 171分别为CRF07_BC和CRF01_AE,NFLG 150为CRF01_AE和CRF07_BC二代重组毒株.基因重组断点分析结果显示,NFLG 150的重组模式是以CRF07_BC全长基因组为骨架,在gag区和env区分别插入了1个长度约为60和80 bp的CRF01_AE基因片段.结论 在MSM人群中发现1株HIV-1 CRF01_AE/CRF07_BC二代重组毒株,建议持续监测相关性传播,特别是MSM人群HIV-1新型基因重组毒株.

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