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目的 利用生物信息学方法探讨原发性干燥综合征(Primary Sj?gren's syndrome,pSS)的关键基因,分析其可能的免疫浸润机制,并挖掘潜在的靶向中药,为pSS的临床治疗提供新方向.方法 从GEO数据库下载pSS基因表达谱芯片数据集,使用R软件进行差异基因的筛选,并对这些差异基因进行基因本体论(GO)及基因通路富集(KEGG)富集分析.应用STRING数据库对差异基因进行蛋白质互作网络分析,利用Cytoscape筛选核心基因,应用ELISA方法对关键基因表达进行验证.通过CIBERSORT反卷积法计算22种免疫细胞在pSS中的相对表达情况.最后通过Coremine Medical数据库对靶向pSS关键基因的中药进行预测.结果 筛选出pSS差异基因共计232个,其中上调207个,下调25个.GO主要富集于:白细胞介导的免疫、淋巴细胞介导的免疫、白细胞-细胞粘附等;KEGG通路主要富集于:造血细胞谱系、原发免疫缺陷、产生IgA的肠道免疫网络、吞噬体、利什曼病等.筛选出:PTPRC、CD19、LCP2、CCR5、CD69等10余个关键基因,实验验证核心基因表达与芯片数据的表达趋势一致.免疫浸润结果显示:记忆B细胞、活化的CD4+记忆T细胞、初始CD4 T细胞在pSS中表达显著上调.免疫细胞相关性分析显示:单核细胞和调节性T细胞呈中度正相关(r=0.63),M1型巨噬细胞和初始B细胞呈中度正相关(r=0.5

作者:袁心柱;李玲琴;杜欢;林昌伟;袁祖君;王彦江;王宝福;谢席胜

来源:世界科学技术-中医药现代化 2023 年 25卷 11期

知识库介绍

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作者:
袁心柱;李玲琴;杜欢;林昌伟;袁祖君;王彦江;王宝福;谢席胜
来源:
世界科学技术-中医药现代化 2023 年 25卷 11期
标签:
干燥综合征 GEO数据库 生物信息学 免疫浸润 Sj?gren's syndrome GEO database Bioinformatics Immune infiltration
目的 利用生物信息学方法探讨原发性干燥综合征(Primary Sj?gren's syndrome,pSS)的关键基因,分析其可能的免疫浸润机制,并挖掘潜在的靶向中药,为pSS的临床治疗提供新方向.方法 从GEO数据库下载pSS基因表达谱芯片数据集,使用R软件进行差异基因的筛选,并对这些差异基因进行基因本体论(GO)及基因通路富集(KEGG)富集分析.应用STRING数据库对差异基因进行蛋白质互作网络分析,利用Cytoscape筛选核心基因,应用ELISA方法对关键基因表达进行验证.通过CIBERSORT反卷积法计算22种免疫细胞在pSS中的相对表达情况.最后通过Coremine Medical数据库对靶向pSS关键基因的中药进行预测.结果 筛选出pSS差异基因共计232个,其中上调207个,下调25个.GO主要富集于:白细胞介导的免疫、淋巴细胞介导的免疫、白细胞-细胞粘附等;KEGG通路主要富集于:造血细胞谱系、原发免疫缺陷、产生IgA的肠道免疫网络、吞噬体、利什曼病等.筛选出:PTPRC、CD19、LCP2、CCR5、CD69等10余个关键基因,实验验证核心基因表达与芯片数据的表达趋势一致.免疫浸润结果显示:记忆B细胞、活化的CD4+记忆T细胞、初始CD4 T细胞在pSS中表达显著上调.免疫细胞相关性分析显示:单核细胞和调节性T细胞呈中度正相关(r=0.63),M1型巨噬细胞和初始B细胞呈中度正相关(r=0.5

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