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目的 从分子水平研究皮肤鳞状细胞癌(CSCC)血清蛋白组学的变化,为该病的发生、发展机制研究及分子靶向药物的研发提供理论依据.方法 基于高分辨质谱的全扫描数据非依赖采集(Data Independent Acquisition,DIA)定量蛋白质组学技术,比较CSCC患者与正常人血清中蛋白种类和浓度的差异.而后根据这些差异蛋白进行生物信息分析:GO功能及富集分析、Pathway代谢通路富集和蛋白-蛋白相互作用网络(PPI)分析.结果 在待测血清样品中共检测到411个蛋白.通过对比6个CSCC和6个正常人血清样品的蛋白图谱特征,发现共有28个蛋白具有显著性差异.GO富集分析结果表明biological process(BP)、cellular component(CC)和molecular function(MF)三个本体中分别有533个、62个和57个显著性差异的条目(GO terms).KEGG pathway分析提示这些差异蛋白显著地富集在pantothenate and coA biosynthesis、MAPK signaling pathway、propanoate metabolism、pyruvate metabolism和cysteine and methionine metabo-lism五条代谢通路上.进一步的PPI分析表明10条代谢通路和8个蛋白相互关联,具体包括癌症相关的代谢途径gly-colysis/gluconeogenesis、MAPK signaling pathway等,以及与癌症发生密切关联的的蛋白CTSB、LDHB等.结论 一些潜在的生物标志

作者:陈雯;刘智文;游小龙;袁分钱;张丽;乐飞;高源;饶军

来源:实用癌症杂志 2020 年 35卷 12期

知识库介绍

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作者:
陈雯;刘智文;游小龙;袁分钱;张丽;乐飞;高源;饶军
来源:
实用癌症杂志 2020 年 35卷 12期
标签:
DIA 蛋白组学 CSCC MAPK
目的 从分子水平研究皮肤鳞状细胞癌(CSCC)血清蛋白组学的变化,为该病的发生、发展机制研究及分子靶向药物的研发提供理论依据.方法 基于高分辨质谱的全扫描数据非依赖采集(Data Independent Acquisition,DIA)定量蛋白质组学技术,比较CSCC患者与正常人血清中蛋白种类和浓度的差异.而后根据这些差异蛋白进行生物信息分析:GO功能及富集分析、Pathway代谢通路富集和蛋白-蛋白相互作用网络(PPI)分析.结果 在待测血清样品中共检测到411个蛋白.通过对比6个CSCC和6个正常人血清样品的蛋白图谱特征,发现共有28个蛋白具有显著性差异.GO富集分析结果表明biological process(BP)、cellular component(CC)和molecular function(MF)三个本体中分别有533个、62个和57个显著性差异的条目(GO terms).KEGG pathway分析提示这些差异蛋白显著地富集在pantothenate and coA biosynthesis、MAPK signaling pathway、propanoate metabolism、pyruvate metabolism和cysteine and methionine metabo-lism五条代谢通路上.进一步的PPI分析表明10条代谢通路和8个蛋白相互关联,具体包括癌症相关的代谢途径gly-colysis/gluconeogenesis、MAPK signaling pathway等,以及与癌症发生密切关联的的蛋白CTSB、LDHB等.结论 一些潜在的生物标志

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