[目的]蜜蜂球囊菌(Ascosphaeraapis,简称球囊菌)是一种专性侵染蜜蜂幼虫的真菌病原,导致的白垩病是严重影响养蜂生产的顽疾,每年给养蜂业造成较大损失.本研究旨在基于已获得的第三代长读段测序数据对球囊菌菌丝(Aam)和孢子(Aas)中基因的可变剪切(alternative splicing,AS)和可变多聚腺苷酸化(alternative polyadenylation,APA)进行深入分析.[方法]利用Astalavista软件鉴定Aam和Aas中基因的AS事件类型.利用IGV浏览器对部分剪切异构体(isoform)的结构进行可视化.通过TAPIS pipeline对Aam和Aas中基因的APA位点进行鉴定.通过MEME软件对Aam和Aas中全长转录本的APA位点上游50 bp的序列特征进行分析并对motif进行鉴定.[结果]在Aam中共鉴定到286次AS事件,包括1 62次RI (Retained intron),87次A3 (Alternative 3'splice-site)、32次A5 (Alternative 5'splice-site)和5次SE (Skipping exon);在Aas中共鉴定到559次AS事件,包括305次RI、155次A3、85次A5、13次SE和1次MEE (Mutually exclusive exon).进一步分析发现,现有参考基因组上的多数注释基因结构并不完整;部分注释基因在菌丝和孢子中转录形成的isoform在数量和结构方面均存在差异;部分isoform在参考基因组中没有对应的注释基因.Aam中共鉴定到2748个基因含有1个

作者：杜宇；王杰；蒋海宾；王秀娜；范元婵；范小雪；祝智威；隆琦；张文德；熊翠玲；郑燕珍；付中民；陈大福；郭睿

来源：微生物学报 2021 年 61卷 3期