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为提高育种效率以及开展重要QTL和关键基因关联性分析研究,以187份生产上重要玉米白交系为材料,以70个均匀分布于全基因组简单重复序列(SSR)基因座鉴定出的290个等位基因多态性为分析数据,采用联合连锁位点与混合模型分析,推测这些自交系的基因组血缘构成以及分子亲缘关系,并分析了全基因连锁不平衡.当亚群数目K=5时,导致似然值P明显下降,亚群数据K>6时,似然值P没有明显上升,表明群体结构的亚群数K最佳推测为6.六个亚群分别为PA、BSSS(含Reid)、PB、兰卡斯特(Lancaster)、旅大红骨(旅大红骨及其衍生系)、四平头(唐四平头及其衍生系).亚群间的Kullback-Leibler距离自0.13至1.06不等,平均为0.599,各亚群间区分度较好.全基因组连锁不平衡(LD)分析表明:与四平头种质类群内相比,遗传基础宽泛种质的基因组内存在LD"区块"(LDblock)少且小,对重要QTLs与基因的关联性分析可以避免假阳性.本研究群体结构与基因组构成分析数据为这些材料育种应用与改良提供了重要信息,也为基于这些材料的关联性分析奠定了分析基础.

作者:谢传晓;张世煌;李明顺;李新海;郝转芳;白丽;张德贵;梁业红

来源:遗传学报 2007 年 34卷 8期

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作者:
谢传晓;张世煌;李明顺;李新海;郝转芳;白丽;张德贵;梁业红
来源:
遗传学报 2007 年 34卷 8期
标签:
玉米 遗传多样性 亲缘关系 连锁不平衡 关联性分析 maize genetic diversity relatedness linkage disequilibrium association analysis
为提高育种效率以及开展重要QTL和关键基因关联性分析研究,以187份生产上重要玉米白交系为材料,以70个均匀分布于全基因组简单重复序列(SSR)基因座鉴定出的290个等位基因多态性为分析数据,采用联合连锁位点与混合模型分析,推测这些自交系的基因组血缘构成以及分子亲缘关系,并分析了全基因连锁不平衡.当亚群数目K=5时,导致似然值P明显下降,亚群数据K>6时,似然值P没有明显上升,表明群体结构的亚群数K最佳推测为6.六个亚群分别为PA、BSSS(含Reid)、PB、兰卡斯特(Lancaster)、旅大红骨(旅大红骨及其衍生系)、四平头(唐四平头及其衍生系).亚群间的Kullback-Leibler距离自0.13至1.06不等,平均为0.599,各亚群间区分度较好.全基因组连锁不平衡(LD)分析表明:与四平头种质类群内相比,遗传基础宽泛种质的基因组内存在LD"区块"(LDblock)少且小,对重要QTLs与基因的关联性分析可以避免假阳性.本研究群体结构与基因组构成分析数据为这些材料育种应用与改良提供了重要信息,也为基于这些材料的关联性分析奠定了分析基础.

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