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目的 通过鉴定曼地亚红豆杉Taxus × media中病程相关基因非表达子1(non-expressor of pathogenesis-related genes 1,NPR1)家族基因,分析并比较其蛋白结构以及基因表达等差异,为利用NPR1基因提高红豆杉紫杉醇含量奠定理论基础.方法 利用本地化blast对曼地亚红豆杉NPR1基因进行鉴定,通过CD-search、MEGAX、DNAMAN以及MEME在线网站等生物信息学技术进行保守结构域、进化树构建、多序列比对以及基序分析,利用blast比对转录组数据,预测所获得的NPR1基因在不同组织以及激素和低温处理后的表达模式.结果 在曼地亚红豆杉中共鉴定出3个NPR1家族基因,命名为TmNPR1~TmNPR3.研究发现,3个NPR1家族成员均含有BTB_POZ保守结构域,并分成2个亚家族.TmNPR1/2与AtNPR3/4聚在一起,TmNPR3与AtNPR5/6亲缘关系较近.TmNPR1/2与AtNPR3/4相似,均含有EAR基序(VDLNETP).表达模式分析发现3个NPR1基因在不同组织中的表达有所差异,TmNPR1/2在针叶组织中的表达水平最高,TmNPR1响应低温胁迫,且在茉莉酸甲酯和冠菌素激素处理曼地亚红豆杉细胞系中表达量最高.结论 曼地亚红豆杉NPR1家族的3个成员在序列和结构上存在保守性,但也在红豆杉根和针叶的发育以及在低温等不同胁迫和茉莉酸甲酯信号途径中扮演了不同的角色,推测具有不同的功能,为揭

作者:杜雨晴;袁菊红;王旭;张恺恺;陈段芬;邱德有;杨艳芳

来源:中草药 2024 年 55卷 1期

知识库介绍

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作者:
杜雨晴;袁菊红;王旭;张恺恺;陈段芬;邱德有;杨艳芳
来源:
中草药 2024 年 55卷 1期
标签:
红豆杉 曼地亚红豆杉 NPR1家族 生物信息学 紫杉醇 表达分析 Taxus wallichiana var.chinensis(Pilger)Florin Taxus x media Rehder NPR1 family bioinformatics taxol expression analysis
目的 通过鉴定曼地亚红豆杉Taxus × media中病程相关基因非表达子1(non-expressor of pathogenesis-related genes 1,NPR1)家族基因,分析并比较其蛋白结构以及基因表达等差异,为利用NPR1基因提高红豆杉紫杉醇含量奠定理论基础.方法 利用本地化blast对曼地亚红豆杉NPR1基因进行鉴定,通过CD-search、MEGAX、DNAMAN以及MEME在线网站等生物信息学技术进行保守结构域、进化树构建、多序列比对以及基序分析,利用blast比对转录组数据,预测所获得的NPR1基因在不同组织以及激素和低温处理后的表达模式.结果 在曼地亚红豆杉中共鉴定出3个NPR1家族基因,命名为TmNPR1~TmNPR3.研究发现,3个NPR1家族成员均含有BTB_POZ保守结构域,并分成2个亚家族.TmNPR1/2与AtNPR3/4聚在一起,TmNPR3与AtNPR5/6亲缘关系较近.TmNPR1/2与AtNPR3/4相似,均含有EAR基序(VDLNETP).表达模式分析发现3个NPR1基因在不同组织中的表达有所差异,TmNPR1/2在针叶组织中的表达水平最高,TmNPR1响应低温胁迫,且在茉莉酸甲酯和冠菌素激素处理曼地亚红豆杉细胞系中表达量最高.结论 曼地亚红豆杉NPR1家族的3个成员在序列和结构上存在保守性,但也在红豆杉根和针叶的发育以及在低温等不同胁迫和茉莉酸甲酯信号途径中扮演了不同的角色,推测具有不同的功能,为揭

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