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背景与目的:基因芯片技术是利用杂交测序方法,可大规模高通量地检测不同组织、细胞中的基因表达水平的技术.该研究采用基因芯片技术筛选前列腺癌及前列腺炎症穿刺组织中差异表达的基因并对其进行生物学信息分析.方法:采用美国Affymetrix Human U133 plus 2.0基因表达谱芯片,按一步法分别抽提恶性程度较高的前列腺癌及前列腺炎症组织的总RNA,并分离纯化这两种组织的mRNA.经逆转录合成掺入生物素标记的cDNA合成探针,与芯片杂交和严格洗片后,用荧光扫描仪扫描芯片荧光信号图像.用生物信息学方法分析前列腺癌及前列腺炎症组织中差异表达基因.结果:按照表达差异倍数大于等于2,P<0.05的筛选条件,筛选出差异基因1819条,其中上调表达基因1025条和下调表达基因794条.采用GO富集分析发现这些差异基因主要涉及细胞周期、分子代谢等分子功能以及生物学过程;KEGG信号通路分析发现,这些差异基因主要涉及嘌呤核苷酸代谢等代谢通路.STING在线工具分析对差异基因编码的蛋白质间的相互作用进行分析,结果发现这些基因编码的蛋白间的相互作用主要集中在TPX2、ANLN、NUSAP1、MELK、DLGAP5、KIF11、TOP2A及RRM2等20个关键节点基因.最后对重要节点基因进行文献挖掘,发现CEP55和ANLN基因可能与前列腺癌的发生和转移有关.结论:在前

作者:夏前林;单孟林;丁滔;朱延军;侯君;郑江花

来源:中国癌症杂志 2017 年 27卷 3期

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作者:
夏前林;单孟林;丁滔;朱延军;侯君;郑江花
来源:
中国癌症杂志 2017 年 27卷 3期
标签:
前列腺癌 基因芯片 差异基因 生物信息学 Prostate cancer Gene chip Differential genes Bioinformatics
背景与目的:基因芯片技术是利用杂交测序方法,可大规模高通量地检测不同组织、细胞中的基因表达水平的技术.该研究采用基因芯片技术筛选前列腺癌及前列腺炎症穿刺组织中差异表达的基因并对其进行生物学信息分析.方法:采用美国Affymetrix Human U133 plus 2.0基因表达谱芯片,按一步法分别抽提恶性程度较高的前列腺癌及前列腺炎症组织的总RNA,并分离纯化这两种组织的mRNA.经逆转录合成掺入生物素标记的cDNA合成探针,与芯片杂交和严格洗片后,用荧光扫描仪扫描芯片荧光信号图像.用生物信息学方法分析前列腺癌及前列腺炎症组织中差异表达基因.结果:按照表达差异倍数大于等于2,P<0.05的筛选条件,筛选出差异基因1819条,其中上调表达基因1025条和下调表达基因794条.采用GO富集分析发现这些差异基因主要涉及细胞周期、分子代谢等分子功能以及生物学过程;KEGG信号通路分析发现,这些差异基因主要涉及嘌呤核苷酸代谢等代谢通路.STING在线工具分析对差异基因编码的蛋白质间的相互作用进行分析,结果发现这些基因编码的蛋白间的相互作用主要集中在TPX2、ANLN、NUSAP1、MELK、DLGAP5、KIF11、TOP2A及RRM2等20个关键节点基因.最后对重要节点基因进行文献挖掘,发现CEP55和ANLN基因可能与前列腺癌的发生和转移有关.结论:在前

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