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目的:应用生物信息技术筛查与口腔鳞状细胞癌(OSCC)相关的重要生物标志物.方法:从GEO数据库获取OSCC基因表达谱,鉴定出差异表达基因(DEGs).利用加权基因共表达网络分析(WGCNA)获得与OSCC关系最密切模块中的核心基因并与DEGs取交集.对重叠DEGs进行通路分析及蛋白网络分析(PPI),以CytoHubba提取候选关键基因,通过生存分析确定关键基因,验证其在OSCC中的表达,进一步探索关键基因在OSCC中与免疫浸润细胞、免疫检查点之间的关系.采用GraphPad Prism 8软件进行统计学分析.结果:共鉴定出53个共DEGs,富集分析其主要参与细胞外基质、细胞外区域、PI3K-Akt等通路.从PPI网络中鉴定20个候选核心基因,通过生存分析确定5个(SERPINE1、SERPINH1、LAMC2、ITGA5和ITGA3)与OSCC总生存期相关的基因作为关键基因(P<0.05).通过GEPIA、GSE30784数据从基因水平证明这5个基因在OSCC组织中存在差异表达(P<0.05),通过HPA数据库发现SERPINE1在OSCC的蛋白水平上不表达,SERPINH1、LAMC2、ITGA5和ITGA3高表达.另外,5个关键基因与CD8+T细胞、树突状细胞等免疫浸润细胞和CD276、VEGFA、PDCD1等免疫检查点明显相关(P<0.05).结论:SERPINE1、SERPINH1、LAMC2、ITGA5、ITGA3可视为OSCC的生物标志物,其为OSCC的诊断、预后及治疗提供了新的视

作者:李锦存;翟堃;胡晨;刘絮影;马兴平;马坚

来源:中国口腔颌面外科杂志 2024 年 22卷 2期

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作者:
李锦存;翟堃;胡晨;刘絮影;马兴平;马坚
来源:
中国口腔颌面外科杂志 2024 年 22卷 2期
标签:
加权基因共表达网络分析 口腔鳞状细胞癌 生存分析 关键基因 免疫浸润 Weighted gene co-expression network analysis Oral squamous cell carcinoma Survival analysis Key genes Immune infiltration
目的:应用生物信息技术筛查与口腔鳞状细胞癌(OSCC)相关的重要生物标志物.方法:从GEO数据库获取OSCC基因表达谱,鉴定出差异表达基因(DEGs).利用加权基因共表达网络分析(WGCNA)获得与OSCC关系最密切模块中的核心基因并与DEGs取交集.对重叠DEGs进行通路分析及蛋白网络分析(PPI),以CytoHubba提取候选关键基因,通过生存分析确定关键基因,验证其在OSCC中的表达,进一步探索关键基因在OSCC中与免疫浸润细胞、免疫检查点之间的关系.采用GraphPad Prism 8软件进行统计学分析.结果:共鉴定出53个共DEGs,富集分析其主要参与细胞外基质、细胞外区域、PI3K-Akt等通路.从PPI网络中鉴定20个候选核心基因,通过生存分析确定5个(SERPINE1、SERPINH1、LAMC2、ITGA5和ITGA3)与OSCC总生存期相关的基因作为关键基因(P<0.05).通过GEPIA、GSE30784数据从基因水平证明这5个基因在OSCC组织中存在差异表达(P<0.05),通过HPA数据库发现SERPINE1在OSCC的蛋白水平上不表达,SERPINH1、LAMC2、ITGA5和ITGA3高表达.另外,5个关键基因与CD8+T细胞、树突状细胞等免疫浸润细胞和CD276、VEGFA、PDCD1等免疫检查点明显相关(P<0.05).结论:SERPINE1、SERPINH1、LAMC2、ITGA5、ITGA3可视为OSCC的生物标志物,其为OSCC的诊断、预后及治疗提供了新的视

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