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目的 利用全基因组测序(whole genome sequencing,WGS)了解天津地区72株耐多药结核分枝杆菌(multi-drug-resistant tuberculosis,MDR-TB)的耐药基因突变特征,评估WGS预测MDR-TB耐药性的效果.方法 收集2020年1-9月天津市结核病控制中心门诊部就诊患者的临床菌株,使用硝基苯甲酸(PNB)培养基进行菌种鉴定和固体比例法药敏试验.排除重复菌株后,筛选出72株MDR-TB进行WGS.使用在线数据库进行数据分析,对表型药敏结果与WGS预测的耐药谱进行比较.结果 72株MDR-TB基因型均为L2分支,准广泛耐药(pre-extensive drug-resistant tuberculosis,pre-XDR-TB)在现代株和古代株中的差异无统计学意义(χ2=0.287,P=0.592).共发现与12种药物耐药相关基因的突变类型 81 种,对不同药物耐药的菌株中常见突变类型分别为链霉素:rpsL Lys43Arg;异烟肼:katG Ser315Thr;利福平:rpoB Ser450Leu;乙胺丁醇:embB Met306Val;氧氟沙星、左氧氟沙星、莫西沙星:gyrA Asp94Gly;卡那霉素、卷曲霉素、阿米卡星:rrs 1401a>g;对氨基水杨酸:folC Ile43Thr.丙硫异烟胺耐药株9种突变类型,每种1株.WGS预测不同药物耐药的灵敏度和特异度分别为链霉素:98.15

作者:穆成;孙蕊;王志锐;赵慧;王春花

来源:中国热带医学 2023 年 23卷 7期

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作者:
穆成;孙蕊;王志锐;赵慧;王春花
来源:
中国热带医学 2023 年 23卷 7期
标签:
结核 全基因组关联研究 高通量核苷酸测序 突变 Tuberculosis genome-wide association study high-throughput nucleotide sequencing mutation
目的 利用全基因组测序(whole genome sequencing,WGS)了解天津地区72株耐多药结核分枝杆菌(multi-drug-resistant tuberculosis,MDR-TB)的耐药基因突变特征,评估WGS预测MDR-TB耐药性的效果.方法 收集2020年1-9月天津市结核病控制中心门诊部就诊患者的临床菌株,使用硝基苯甲酸(PNB)培养基进行菌种鉴定和固体比例法药敏试验.排除重复菌株后,筛选出72株MDR-TB进行WGS.使用在线数据库进行数据分析,对表型药敏结果与WGS预测的耐药谱进行比较.结果 72株MDR-TB基因型均为L2分支,准广泛耐药(pre-extensive drug-resistant tuberculosis,pre-XDR-TB)在现代株和古代株中的差异无统计学意义(χ2=0.287,P=0.592).共发现与12种药物耐药相关基因的突变类型 81 种,对不同药物耐药的菌株中常见突变类型分别为链霉素:rpsL Lys43Arg;异烟肼:katG Ser315Thr;利福平:rpoB Ser450Leu;乙胺丁醇:embB Met306Val;氧氟沙星、左氧氟沙星、莫西沙星:gyrA Asp94Gly;卡那霉素、卷曲霉素、阿米卡星:rrs 1401a>g;对氨基水杨酸:folC Ile43Thr.丙硫异烟胺耐药株9种突变类型,每种1株.WGS预测不同药物耐药的灵敏度和特异度分别为链霉素:98.15

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