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目的:对脓毒症患者进行蛋白质质谱分析,寻找脓毒症诊治的潜在新靶点。方法:采用横断面观察研究方法,纳入2019年1月至12月在西南医科大学附属医院急诊科急诊重症监护病房(EICU)就诊的12例脓毒症患者及同期9例健康体检者。采集两组受试者外周血进行蛋白质质谱分析,并采用非依赖性采集技术得到各蛋白表达数据。将所得数据导入整合差异表达和通路分析在线网络工具IDEP2,对数据进行ID转换,并进行均一化处理,验证其可比性,再用主成分分析剔除离群数据。以 P<0.05、log 2差异倍数(FC)>1或log 2FC<-1为差异有统计学意义,筛选出差异蛋白。用DAVID在线网站将筛选出的差异蛋白进行基因本体(GO)分析,从蛋白质的生物过程、细胞组分、分子功能3个方面对蛋白进行富集分析,同时进行京都基因与基因组百科全书数据库(KEGG)通路分析。通过基因与蛋白质相互作用检索数据库(STRING)在线网站进行蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)分析,找到紧密联系的相关蛋白。 结果:两组数据经均一化处理后提示具有可比性。最终共筛选出125个差异蛋白,其中99个上调,26个下调。GO富集分析显示,筛选出的差异蛋白主要分布在细胞外,具有细胞调节功能及催化活性,参与生物调节、代谢过程及免疫过程;K

作者:冯立波;刘玉;陈睦虎;胡迎春

来源:中华危重病急救医学 2022 年 34卷 7期

知识库介绍

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作者:
冯立波;刘玉;陈睦虎;胡迎春
来源:
中华危重病急救医学 2022 年 34卷 7期
标签:
脓毒症 生物信息学 蛋白质组学 生物标志物 Sepsis Bioinformatics Proteomics Biomarker
目的:对脓毒症患者进行蛋白质质谱分析,寻找脓毒症诊治的潜在新靶点。方法:采用横断面观察研究方法,纳入2019年1月至12月在西南医科大学附属医院急诊科急诊重症监护病房(EICU)就诊的12例脓毒症患者及同期9例健康体检者。采集两组受试者外周血进行蛋白质质谱分析,并采用非依赖性采集技术得到各蛋白表达数据。将所得数据导入整合差异表达和通路分析在线网络工具IDEP2,对数据进行ID转换,并进行均一化处理,验证其可比性,再用主成分分析剔除离群数据。以 P<0.05、log 2差异倍数(FC)>1或log 2FC<-1为差异有统计学意义,筛选出差异蛋白。用DAVID在线网站将筛选出的差异蛋白进行基因本体(GO)分析,从蛋白质的生物过程、细胞组分、分子功能3个方面对蛋白进行富集分析,同时进行京都基因与基因组百科全书数据库(KEGG)通路分析。通过基因与蛋白质相互作用检索数据库(STRING)在线网站进行蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)分析,找到紧密联系的相关蛋白。 结果:两组数据经均一化处理后提示具有可比性。最终共筛选出125个差异蛋白,其中99个上调,26个下调。GO富集分析显示,筛选出的差异蛋白主要分布在细胞外,具有细胞调节功能及催化活性,参与生物调节、代谢过程及免疫过程;K

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