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目的:基于网络药理学和分子对接方法,探讨羌活胜湿汤治疗类风湿关节炎(RA)的作用机制.方法:通过查阅文献结合中药系统药理学数据库与分析平台,得到羌活胜湿汤中 7 味中药的主要活性成分及其靶点基因;在GeneCards和人类孟德尔遗传综合数据库中进行检索,查找RA相关靶点基因,基于R语言,获得羌活胜湿汤-RA共同作用的靶点基因.运用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用网络图,利用 R 语言计算各节点的度值得到柱形图并获得度值排序居前 5 位的靶点蛋白;运用Cytoscape 3.8.2 软件,构建中药相关成分与RA靶点相互作用的网络图,使用Analyze Network插件进行分析,得到度值排序居前5位的活性物质.运用R语言和Bioconductor生物信息软件包对获得的基因进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析.运用Cytoscape 3.8.2 软件构建信号-靶点通路网络图.运用Pymol和Auto Dock Tools软件处理得到的蛋白、配体及小分子,利用Vina计算结合自由能并绘制分子对接图.结果:筛选得到羌活胜湿汤活性成分 141 个,靶点基因 2 497 个.获得RA相关靶点 633 个,去除重复后得到羌活胜湿汤-RA共同靶点基因 70 个,主要通过信号转导及转录激活因子 3、JUN原癌基因、相关因子A(RELA)、丝裂原激活的蛋白激酶(MAP

作者:张慧月;刘洋洋;孙磊;吴记勇

来源:中国医院用药评价与分析 2023 年 23卷 12期

知识库介绍

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作者:
张慧月;刘洋洋;孙磊;吴记勇
来源:
中国医院用药评价与分析 2023 年 23卷 12期
标签:
羌活胜湿汤 类风湿关节炎 网络药理学 分子对接 Qianghuo Shengshi decoction Rheumatoid arthritis Network pharmacology Molecular docking
目的:基于网络药理学和分子对接方法,探讨羌活胜湿汤治疗类风湿关节炎(RA)的作用机制.方法:通过查阅文献结合中药系统药理学数据库与分析平台,得到羌活胜湿汤中 7 味中药的主要活性成分及其靶点基因;在GeneCards和人类孟德尔遗传综合数据库中进行检索,查找RA相关靶点基因,基于R语言,获得羌活胜湿汤-RA共同作用的靶点基因.运用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用网络图,利用 R 语言计算各节点的度值得到柱形图并获得度值排序居前 5 位的靶点蛋白;运用Cytoscape 3.8.2 软件,构建中药相关成分与RA靶点相互作用的网络图,使用Analyze Network插件进行分析,得到度值排序居前5位的活性物质.运用R语言和Bioconductor生物信息软件包对获得的基因进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析.运用Cytoscape 3.8.2 软件构建信号-靶点通路网络图.运用Pymol和Auto Dock Tools软件处理得到的蛋白、配体及小分子,利用Vina计算结合自由能并绘制分子对接图.结果:筛选得到羌活胜湿汤活性成分 141 个,靶点基因 2 497 个.获得RA相关靶点 633 个,去除重复后得到羌活胜湿汤-RA共同靶点基因 70 个,主要通过信号转导及转录激活因子 3、JUN原癌基因、相关因子A(RELA)、丝裂原激活的蛋白激酶(MAP

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