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目的 筛选RA患者外周血中差异性表达的环状RNA(circRNA)并进行生物信息学分析,以探讨外周血circRNA在RA发病中的作用.方法 采用circRNA芯片对3例RA患者和3名健康对照的外周血中的circRNA进行筛查,用R软件包对数据进行归一化及后续数据处理,通过Fold Change和P值进行筛选,采用t检验,寻找2组样本间差异表达的circRNA,并对差异表达的circRNA进行生物信息学分析.结果 芯片筛查结果提示有36个circRNA在RA组和对照组之间差异有统计学意义,14个circRNA下调,22个circRNA上调.对这些circRNA所涉及的基因进行基因本体论(GO)分析,结果提示,这些基因主要参与生物学调控、细胞分化、代谢过程等.对每个差异表达的circRNA的靶miRNA进行预测,其中有1个circRNA(hsa circ 0005397)预测结果中有1个miRNA (hsa-miR-125a-3p)在文献中得到验证,用Cytoscape软件对三者之间的网络关系进行了预测.结论 RA患者外周血中的circRNA出现多个差异性表达,circRNA可能参与RA调控机制.

作者:宋新强;张丽丽;赵仕琪;汪学群;王磊;陈磊;曾宪思

来源:中华风湿病学杂志 2016 年 20卷 8期

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作者:
宋新强;张丽丽;赵仕琪;汪学群;王磊;陈磊;曾宪思
来源:
中华风湿病学杂志 2016 年 20卷 8期
标签:
关节炎,类风湿 靶基因 生物信息学 环状RNA Arthritis,rheumatoid Target gene Bioinformatics CircRNA
目的 筛选RA患者外周血中差异性表达的环状RNA(circRNA)并进行生物信息学分析,以探讨外周血circRNA在RA发病中的作用.方法 采用circRNA芯片对3例RA患者和3名健康对照的外周血中的circRNA进行筛查,用R软件包对数据进行归一化及后续数据处理,通过Fold Change和P值进行筛选,采用t检验,寻找2组样本间差异表达的circRNA,并对差异表达的circRNA进行生物信息学分析.结果 芯片筛查结果提示有36个circRNA在RA组和对照组之间差异有统计学意义,14个circRNA下调,22个circRNA上调.对这些circRNA所涉及的基因进行基因本体论(GO)分析,结果提示,这些基因主要参与生物学调控、细胞分化、代谢过程等.对每个差异表达的circRNA的靶miRNA进行预测,其中有1个circRNA(hsa circ 0005397)预测结果中有1个miRNA (hsa-miR-125a-3p)在文献中得到验证,用Cytoscape软件对三者之间的网络关系进行了预测.结论 RA患者外周血中的circRNA出现多个差异性表达,circRNA可能参与RA调控机制.

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