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目的 建立稳定表达HBx基因的人肝细胞株L02 (L02/HBx)长链非编码RNA(lncRNA)差异表达谱,筛选出可能在HBV相关肝癌中发挥重要作用的lncRNAs. 方法 用微阵列基因芯片技术建立lncRNAs差异表达谱,通过散点图和聚类等分析获得HBx相关差异表达的lncRNAs.采用实时荧光定量聚合酶链反应(qRT-PCR)对部分差异表达的lncRNA进行验证.比较两个芯片组lncRNA的表达值用t检验;对差异表达lncRNA的原始数据进行分层聚类分析. 结果 与转染空白质粒的对照组(L02/pcDNA3.0)相比,L02/HBx细胞有323个lncRNAs表达上调2倍以上,421个lncRNAs表达降低50%以上,差异有统计学意义(P<0.05).RT-PCR验证表达上调的4个lncRNAs(TCONS_00006195、ENST00000557524、NR_037597、ENST00000539975),与表达降低的3个lncRNAs(ENST00000508424、ENST00000447433、uc001 lva.4),结果与芯片检测结果相一致. 结论 成功筛选出HBx相关lncRNAs,为下一步探讨lncRNAs在肝癌发病机制中的作用研究奠定了基础.

作者:匡栩源;李宁;傅永明;李佳;范学工

来源:中华肝脏病杂志 2016 年 24卷 6期

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作者:
匡栩源;李宁;傅永明;李佳;范学工
来源:
中华肝脏病杂志 2016 年 24卷 6期
标签:
癌,肝细胞 肝炎病毒,乙型 HBx基因 长链非编码RNA 微阵列芯片 Carcinoma,hepatocellular Hepatitis B virus HBx gene Long non-coding RNA Microarray
目的 建立稳定表达HBx基因的人肝细胞株L02 (L02/HBx)长链非编码RNA(lncRNA)差异表达谱,筛选出可能在HBV相关肝癌中发挥重要作用的lncRNAs. 方法 用微阵列基因芯片技术建立lncRNAs差异表达谱,通过散点图和聚类等分析获得HBx相关差异表达的lncRNAs.采用实时荧光定量聚合酶链反应(qRT-PCR)对部分差异表达的lncRNA进行验证.比较两个芯片组lncRNA的表达值用t检验;对差异表达lncRNA的原始数据进行分层聚类分析. 结果 与转染空白质粒的对照组(L02/pcDNA3.0)相比,L02/HBx细胞有323个lncRNAs表达上调2倍以上,421个lncRNAs表达降低50%以上,差异有统计学意义(P<0.05).RT-PCR验证表达上调的4个lncRNAs(TCONS_00006195、ENST00000557524、NR_037597、ENST00000539975),与表达降低的3个lncRNAs(ENST00000508424、ENST00000447433、uc001 lva.4),结果与芯片检测结果相一致. 结论 成功筛选出HBx相关lncRNAs,为下一步探讨lncRNAs在肝癌发病机制中的作用研究奠定了基础.

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