目的:基于TCGA和ICGC数据库的线粒体自噬相关基因(MRGs)构建肝细胞癌(肝癌)患者预后风险模型,并筛选具有治疗潜力的小分子药物。方法:从TCGA和ICGC数据库中下载肝癌患者的RNA测序数据和临床信息。从Reactome信号通路数据库检索收集MRGs。采用单因素Cox回归和Lasso回归分析以TCGA队列为训练集构建预后风险模型,并在ICGC队列中进行验证。R软件"rms"包用于构建列线图。R软件"limma"包用于选择预后风险模型中高风险组和低风险组的差异基因,利用获得的差异基因在联系图(CMap)数据库中筛选具有治疗潜力的小分子药物。结果:19个MRGs在TCGA和ICGC队列肿瘤组织中均表达上调,PINK表达下调。12个MRGs在两个队列中均为生存预后的危险因素。利用Lasso回归分析构建5-MRGs标志物的预后风险模型,包括酪蛋白激酶2β多肽(CSNK2B)、线粒体融合蛋白1(MFN1)、磷酸甘油酸突变酶家族成员5(PGAM5)、外线粒体膜转位酶同源物(TOMM)5、TOMM22基因。Kaplan-Meier生存分析显示,训练集和验证集中高风险组的预后较差,中位生存期较短。ROC曲线提示该模型对肝癌患者预后有较高的预测价值。多因素Cox分析提示线粒体自噬评分是影响肝癌患者预后的独立因素(HR=2.68,95
作者:王瑶;王震;钱叶本
来源:中华肝脏外科手术学电子杂志 2022 年 11卷 4期