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目的:基于扩增子技术结合高通量测序技术和生物信息分析技术，构建青海省猴痘病毒基因组测序、病毒变异分析及病例分子溯源方法，为今后青海省猴痘疫情防控提供技术支撑。方法:以猴痘病毒核酸阳性样本DNA为模板，利用Ampliseq扩增子技术进行全基因组靶向扩增并构建测序文库，利用Ion Torrent GeneStudio S5二代测序仪及其内置软件完成猴痘病毒全基因组测序、数据优化、变异分析及序列拼接，获得一致性序列。使用在线分析工具进一步分析病毒变异和基因组谱系分型，构建进化树进一步分析病例病毒潜在来源。结果:皮疹拭子和口咽拭子样本猴痘病毒基因核酸检测Ct值分别为32.13和36.91，皮疹拭子样本经猴痘病毒全基因组测序后获得一条高质量有效序列，reads数匹配率为99.99
作者：雷有菊；赵生仓；唐志坚；王文玲；吴长城；李崇亥；陆柔剑；王晓彤；何丽芳；阴梦琪
来源：中华实验和临床病毒学杂志 2023 年 37卷 5期
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