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目的 筛选肝细胞癌中程序性死亡蛋白1(PD-1)相关基因及生物学通路.方法 从癌症基因组图谱(TCGA)下载369例肝细胞癌患者转库组测序(RNA-seq)数据,对PD-1相关基因进行基因本体(GO)生物进程分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路分析,并构建蛋白与蛋白相互作用网络图(PPI),获得PD-1的关键靶基因,并对这些靶基因进行生存分析.结果 共筛选PD-1相关基因174个.功能富集分析表明这些基因共涉及239个生物学过程,12种细胞成分和12个分子功能,这些基因主要参与T细胞活化及调节、免疫缺陷、T细胞增殖等.同时筛选出10个肝细胞癌PD-1相关基因的靶基因,其中ZAP70和FASLG的低表达与肝细胞癌的不良预后显著相关(0.137±0.118比0.377 ±0.083,0.204 ±0.156比0.284±0.106,x2=6.900、4.400,P<0.05).结论 PD-1相关基因为肝细胞癌免疫治疗提供新突破点.

作者:任倩倩;朱鹏;龚昭

来源:中华实验外科杂志 2019 年 36卷 12期

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作者:
任倩倩;朱鹏;龚昭
来源:
中华实验外科杂志 2019 年 36卷 12期
标签:
肝细胞癌 程序性死亡蛋白1 生物信息学 癌症基因组图谱 Hepatocellular carcinoma Programmed death protein 1 Bioinformatics Cancer genome atlas
目的 筛选肝细胞癌中程序性死亡蛋白1(PD-1)相关基因及生物学通路.方法 从癌症基因组图谱(TCGA)下载369例肝细胞癌患者转库组测序(RNA-seq)数据,对PD-1相关基因进行基因本体(GO)生物进程分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路分析,并构建蛋白与蛋白相互作用网络图(PPI),获得PD-1的关键靶基因,并对这些靶基因进行生存分析.结果 共筛选PD-1相关基因174个.功能富集分析表明这些基因共涉及239个生物学过程,12种细胞成分和12个分子功能,这些基因主要参与T细胞活化及调节、免疫缺陷、T细胞增殖等.同时筛选出10个肝细胞癌PD-1相关基因的靶基因,其中ZAP70和FASLG的低表达与肝细胞癌的不良预后显著相关(0.137±0.118比0.377 ±0.083,0.204 ±0.156比0.284±0.106,x2=6.900、4.400,P<0.05).结论 PD-1相关基因为肝细胞癌免疫治疗提供新突破点.

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