目的 应用生物信息学方法筛选骨关节炎(OA)滑膜组织中差异表达细胞焦亡基因及潜在治疗药物.方法 GEO55235数据集中获取细胞焦亡相关差异表达基因(PRDEGs),并对其进行富集分析、聚类分析和免疫浸润分析.使用蛋白-蛋白相互作用网络(PPI)识别关键基因,采用受试者特征曲线(ROC)分析关键基因诊断价值,利用Coremine Medical数据库筛选靶向关键基因的化合物和中药.最后,荧光实时定量聚合酶联反应(qRT-PCR)验证关键基因在正常和OA滑膜组织中的表达差异,并采用独立样本t检验比较其差异.结果 GEO55235数据集中共筛选获得13个差异表达细胞焦亡基因,其主要富集细胞程序性死亡、免疫调控、炎性反应等生物学过程以及肿瘤坏死因子(TNF)、核因子-κB(NF-κB)和丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)等信号通路.此外,13个PRDEGs的表达与免疫细胞浸润密切相关,两种OA滑膜组织亚型之间免疫细胞丰度存在明显差异.PPI和ROC曲线分析提示含PYD和CARD域蛋白(PYCARD)是OA滑膜组织中的关键焦亡基因,具有较好的诊断价值.Coremine Medical数据库中筛选到多种可作用于PYCARD基因的化合物和中药.qRT-PCR结果表明,PYCARD在OA组(2.690±1.355)的表达高于正常组(1.039±0.400,t=3.050,P＜0.05).结论 滑膜细胞焦亡与OA发生密切相关,其中PYCARD基因可能是
作者：牛慧霞；王玉强；王少平；陈德斌；刘宏建
来源：中华实验外科杂志 2024 年 41卷 4期
