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目的 通过分析α干扰素抗病毒相关全基因组表达谱,探索其对新型冠状病毒肺炎的潜在治疗意义.方法 应用R语言对来自基因表达数据库(gene expression omnibus,GEO)的α干扰素相关的全基因组表达谱开展差异分析、富集分析、蛋白互作分析,再应用自主研发的表观精准治疗预测平台(epigenomic preci-sion medicine prediction platform,EpiMed),寻找与α干扰素调控基因表达谱呈负相关的疾病类型,以及呈正相关的药物.结果 α干扰素对基因组表达谱影响复杂,其调控的核心基因有OAS1、MX1、OASL、ISG15、IST1、IRF7等,参与病毒生命周期的负调控、B细胞受体信号通路、肝炎、双链RNA绑定、人类免疫缺陷病毒感染,以及JAK-STAT信号通路等.进一步分析,α干扰素调控的基因组表达谱与社区获得性肺炎和脓毒症等感染性疾病呈高度负相关,而与利托那韦、利巴韦林、奈韦拉平、氟伐他汀呈高度正相关.结论 基于α干扰素抗病毒相关基因组表达谱的分析对于探索新型冠状病毒肺炎潜在治疗药物具有一定的借鉴意义.

作者:智鹏;杨波;陈浩然;陈熙勐;迟小华;张钧栋;郭斌;李卓阳;刘格良;张皓旻;王毅兴;卢学春

来源:转化医学杂志 2020 年 9卷 6期

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作者:
智鹏;杨波;陈浩然;陈熙勐;迟小华;张钧栋;郭斌;李卓阳;刘格良;张皓旻;王毅兴;卢学春
来源:
转化医学杂志 2020 年 9卷 6期
标签:
α干扰素 新型冠状病毒肺炎 生物信息学 基因表达谱
目的 通过分析α干扰素抗病毒相关全基因组表达谱,探索其对新型冠状病毒肺炎的潜在治疗意义.方法 应用R语言对来自基因表达数据库(gene expression omnibus,GEO)的α干扰素相关的全基因组表达谱开展差异分析、富集分析、蛋白互作分析,再应用自主研发的表观精准治疗预测平台(epigenomic preci-sion medicine prediction platform,EpiMed),寻找与α干扰素调控基因表达谱呈负相关的疾病类型,以及呈正相关的药物.结果 α干扰素对基因组表达谱影响复杂,其调控的核心基因有OAS1、MX1、OASL、ISG15、IST1、IRF7等,参与病毒生命周期的负调控、B细胞受体信号通路、肝炎、双链RNA绑定、人类免疫缺陷病毒感染,以及JAK-STAT信号通路等.进一步分析,α干扰素调控的基因组表达谱与社区获得性肺炎和脓毒症等感染性疾病呈高度负相关,而与利托那韦、利巴韦林、奈韦拉平、氟伐他汀呈高度正相关.结论 基于α干扰素抗病毒相关基因组表达谱的分析对于探索新型冠状病毒肺炎潜在治疗药物具有一定的借鉴意义.

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