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目的 基于GEO数据库获得阻塞性睡眠呼吸暂停低通气综合征(OSAHS)的相关差异表达基因,探讨其分子机制,并进行中药预测,以期为OSAHS的中西医结合诊疗提供理论依据及新的思路.方法 在GEO数据库中以"Obstructivesleepapnea-hypopneasyndrome"为关键词检索,获得芯片数据集GSE135917,采用GEO2R在线分析筛选差异表达基因,通过Excel进行数据整理与分析,获得显著差异基因,对其进行GO和KEGG富集分析、蛋白互作(PPI)网络构建及可视化分析,得到关联的信号通路及核心基因,最后通过Coreminemedical数据库进行核心基因映射,得到与疾病相关中药.结果 OSAHS相关显著差异表达基因共105个;GO富集分析显示差异基因的生物进程主要集中在对脂多糖、糖皮质激素、细菌来源分子、皮质类固醇等反应中,细胞组分主要富集在低密度脂蛋白颗粒、内吞囊泡管腔、高密度脂蛋白颗粒、溶酶体腔等中;分子功能主要以RNA聚合酶Ⅱ特异性DNA结合转录因子结合、生长因子活性、DNA转录因子结合、核受体结合为主;KEGG富集分析共得到10条信号通路,包括IL-17信号通路、TNF信号通路、卡波西肉瘤相关疱疹病毒感染通路、致病性大肠杆菌感染通路等;蛋白互作网络构建及可视化分析共得到12个核心基因(IL-6、FOS、FOSB、NR4A1、ATF3、DUSP1、EGR1、JUN、ZFP36、

作者:屠思懿;姜望予;龙梦;陈芳

来源:浙江临床医学 2024 年 26卷 4期

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作者:
屠思懿;姜望予;龙梦;陈芳
来源:
浙江临床医学 2024 年 26卷 4期
标签:
阻塞性睡眠呼吸暂停低通气综合征 生物信息学 GEO数据库 中药预测 Obstructive sleep apnea hypopnea syndrome Bioinformatics GEO database Traditional Chinese medicine prediction
目的 基于GEO数据库获得阻塞性睡眠呼吸暂停低通气综合征(OSAHS)的相关差异表达基因,探讨其分子机制,并进行中药预测,以期为OSAHS的中西医结合诊疗提供理论依据及新的思路.方法 在GEO数据库中以"Obstructivesleepapnea-hypopneasyndrome"为关键词检索,获得芯片数据集GSE135917,采用GEO2R在线分析筛选差异表达基因,通过Excel进行数据整理与分析,获得显著差异基因,对其进行GO和KEGG富集分析、蛋白互作(PPI)网络构建及可视化分析,得到关联的信号通路及核心基因,最后通过Coreminemedical数据库进行核心基因映射,得到与疾病相关中药.结果 OSAHS相关显著差异表达基因共105个;GO富集分析显示差异基因的生物进程主要集中在对脂多糖、糖皮质激素、细菌来源分子、皮质类固醇等反应中,细胞组分主要富集在低密度脂蛋白颗粒、内吞囊泡管腔、高密度脂蛋白颗粒、溶酶体腔等中;分子功能主要以RNA聚合酶Ⅱ特异性DNA结合转录因子结合、生长因子活性、DNA转录因子结合、核受体结合为主;KEGG富集分析共得到10条信号通路,包括IL-17信号通路、TNF信号通路、卡波西肉瘤相关疱疹病毒感染通路、致病性大肠杆菌感染通路等;蛋白互作网络构建及可视化分析共得到12个核心基因(IL-6、FOS、FOSB、NR4A1、ATF3、DUSP1、EGR1、JUN、ZFP36、

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