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2019新型冠状病毒奥密克戎变异株的研究进展
编辑人员丨6天前
2019新型冠状病毒(2019 novel coronavirus,2019-nCoV)奥密克戎BA.4/BA.5变异株具有相对特异的变异位点,使其与血管紧张素转换酶2受体的结合能力增强,并减少了对跨膜丝氨酸蛋白酶2的依赖;奥密克戎变异株对自然感染和疫苗接种后的免疫作用会产生不同程度的免疫逃逸,其中BA.4/BA.5变异株的免疫逃逸作用更为明显。BA.4/BA.5变异株所致疾病的严重程度与BA.2变异株相比并未发生明显变化,目前的抗原和核酸检测技术仍适用。治疗策略仍是基于病情评估的分层分类治疗策略,其对小分子抗病毒药物仍敏感,而大多数单克隆抗体对BA.4/BA.5变异株的疗效降低甚至无效。随着病毒的持续传播,2019-nCoV仍将不断进化和变异,加强病毒变异的监测、继续做好疫苗研发和接种,以及加强抗病毒药物的研发是应对疫情和病毒变异的关键。
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编辑人员丨6天前
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一株H3N2亚型流感病毒株的全基因序列测定及其分子特征分析
编辑人员丨6天前
目的:了解1株人流感H3N2毒株的全基因组序列特征、遗传进化及生物学特性。方法:对浙江省丽水市分离的1株H3N2流感毒株进行全基因组测序,从美国国立生物信息中心(NCBI)和全球倡议分享流感数据库(GISAD)获取其他流感毒株基因组全序列,通过BioEdit7.0.9将该毒株8节段基因与其他序列比对,MEGA7.0软件邻接法构建进化树,并全面分析该毒株的进化、致病力和抗原性等特征。结果:测序得到该毒株为人流感分离株A/Homo sapien/China/LS340/2019(H3N2)株(LS340),LS340为典型的季节性人流感病毒,血凝素基因属于3C.2a1进化分支,具备人际传播能力,部分位点呈现高传播性和高致病性特征,对金刚烷胺耐药。与当季推荐疫苗株相比,抗原区出现涉及A、B两个表位3个位点突变。结论:LS340未出现重组、缺失等较大变异,但与当季推荐疫苗株相比已经发生抗原漂变,应及时更新疫苗,同时加强此类病毒变异监测,防止流感大流行发生。
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编辑人员丨6天前
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淮安市H3N2亚型流感病毒全基因组序列的遗传特征分析
编辑人员丨6天前
目的:了解江苏省淮安市H3N2亚型流感病毒的生物学特性和变异情况,为流感疫情防控与疫苗研发提供参考依据。方法:选取4株2022年淮安市流感监测网络实验室分离的流感毒株,通过全基因组核酸提取、文库构建,应用Nanopore三代测序平台对H3N2亚型毒株进行全基因组序列测定,利用生物信息学软件比对基因组序列相似性、构建系统发育树,解析氨基酸变异特征。结果:8个基因节段之间的核苷酸相似性为97.1%~100.0%,相似性差异最大的是HA基因(97.1%~99.9%),差异最小的是MP基因(98.6%~99.9%)。核苷酸位点变异频率最高和最低的节段分别是HA基因(3.06%)和MP基因(1.43%),不同基因节段核苷酸变异率有统计学意义( χ2=14.293, P=0.046)。HA和NA基因发育树拓扑结构基本一致,3株隶属3C.2a1b.2a.1a进化簇,1株独立属于3C.2a1b.1b进化分支且糖基化位点相较于另外3株在HA1蛋白142NWT、149NGT和NA蛋白436NLS位点发生丢失。4株淮安株均对NA抑制剂和金刚烷胺类药物敏感。 结论:1株淮安株抗原性发生了改变,与当年疫苗株匹配性较低,建议持续加强H3N2流感病毒的基因监测,为流感防控及流感疫苗筛选提供科学依据。
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编辑人员丨6天前
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前列腺多形性巨细胞型腺癌2例临床病理学分析
编辑人员丨6天前
目的:探讨前列腺多形性巨细胞型腺癌(PGCC)的临床病理及分子特征。方法:收集2例前列腺PGCC,复查切片并进行免疫组织化学(IHC)及425基因高通量测序(NGS)检测,同时复习文献,总结其临床病理、IHC及分子特征。结果:2例前列腺PGCC患者年龄为55岁和70岁,组织形态上均可见数量不等多形性巨细胞伴有奇异细胞核(均>50%),伴有高级别经典型腺泡腺癌;IHC只有部分肿瘤性巨细胞表达雄激素受体、NKX3.1、P504s、前列腺特异性抗原(PSA)等前列腺上皮分化的标志物,同时部分细胞表达GATA3。NGS检测到多个基因的致病性/可能致病性变异及融合(TP53变异、BRAF变异、ZSCAN25-BRAF融合),导致TP53及BRAF功能异常,同时检测到SDHA及DNMT3A基因变异,形成截短蛋白,可能参与肿瘤发生发展;例2内分泌治疗后出现雄激素受体拷贝数扩增;微卫星状态分析提示2个病例均为微卫星稳定型,肿瘤突变负荷为低水平。结论:PGCC多见于老年男性,形态学表现为在高级别经典型腺泡腺癌中出现多形性奇异核分化,部分前列腺分化标志物表达减少或缺失,具有不同于经典型前列腺腺癌的基因变异,可能影响肿瘤的进展和预后,并为靶向治疗提供了依据。
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编辑人员丨6天前
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Junior血型基因检测技术的建立与1例部分DVI.3型且Jr(a-)稀有血型的鉴定
编辑人员丨6天前
目的:建立Junior血型基因分型技术,用于Jr(a-)稀有血型的鉴定和筛查。方法:选取2021年1月至2021年5月于深圳市血液中心无偿献血的O型RhD+健康受试者( n=1 568)和1个疑难交叉配血家系( n=3),共1 571例,为研究对象。用血清学检测技术进行先证者血型鉴定、意外抗体鉴定以及抗体效价测定。用聚合酶链反应-序列特异性引物(PCR-SSP)技术进行先证者 RHD基因分型。建立 ABCG2基因编码区测序和PCR-SSP基因分型技术,对先证者及其家系成员进行基因型检测,并在深圳地区无偿献血者人群( n=1 568)中开展Jra抗原阴性的稀有血型献血者筛查。 结果:先证者ABO血型为B型,RhD血型为部分D( RHD*DVI.3/RHD*01N.01),Junior血型Jra抗原为阴性,血浆存在抗-D合并抗-Jra。 ABCG2基因测序发现先证者等位基因型为 ABGG2*01N.01/ABGG2*01N.01[c.376C>T(p.Gln126X)纯合变异],为亚洲人群中最常见的Jr(a-)血型等位基因。在深圳地区无偿献血者人群中进行筛查,无Jr(a-)稀有血型献血者检出。通过杂合子的统计分析,发现 ABCG2*01N.01(c.376T)的等位基因型频率约为0.45%,这一分子背景的Jr(a-)稀有血型在深圳地区的出现频率约为0.2‰。 结论:本研究发现国内首例部分DVI.3型且Jr(a-)稀有血型,并成功建立Junior血型 ABCG2基因编码区测序以及PCR-SSP基因分型技术。
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编辑人员丨6天前
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VPS33B与GP1BA基因双重杂合变异致血浆VWF水平严重降低:1例报告及文献复习
编辑人员丨6天前
一例28岁女性,孕期常规体检发现凝血因子Ⅷ活性(FⅧ∶C)<1%、血管性血友病因子抗原(VWF∶Ag)<1%。二代测序未发现其VWF基因外显子区域存在致病变异。由于该患者临床表现与Ⅲ型血管性血友病(VWD)临床特征不符,因此采用三代测序技术对该患者及其家系成员进行全基因组测序,发现该患者父系家族中有多位成员中携带VPS33B基因杂合变异c.869G>C,携带该变异的家系成员均有不同程度的VWF水平降低(39%~56%)。同时,先证者还检出GP1BA基因杂合变异c.1474dupA,ACMG及Clinvar数据库判断该变异与"血小板型假性VWD"相关。VPS33B基因杂合变异导致的VWF水平降低家系为国际首次报道,VPS33B基因与GP1BA基因双重杂合变异引起血浆VWF水平严重降低病例之前也未见报道。
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编辑人员丨6天前
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2017—2020年度济宁市乙型流感病毒监测及 HA和 NA基因变异和进化分析
编辑人员丨6天前
目的:分析济宁市2017—2020年度乙型流感病毒血凝素(HA)和神经氨酸酶(NA)基因变异情况及分子进化特征。方法:采集2017—2020年度济宁市哨点医院和流感暴发疫情病例咽拭子标本,进行核酸检测、病毒分离,选取20株乙型流感病毒代表毒株进行 HA和 NA基因测序,利用生物信息学软件构建进化树并分析分子进化特征。 结果:2017—2020年度共监测病例标本4 575例,流感病毒阳性842例,其中乙型流感病毒阳性398例,阳性率8.70%(398/4 575),占比47.27%(398/842)。2017—2020年度济宁分离的BV系和BY系流感病毒与疫苗株比, HA基因同源性分别为98.7%~98.8%、98.5%~99.1%。2018—2020年度BV系流感归属于Victoria clade 1A分支,2017—2018年度BY系流感归属于Yamagata clade 3分支。对抗原表位和耐药位点的变异情况进行了分析,发现多处抗原表位发生了变异,但未发现神经氨酸酶抑制剂耐药位点的变异。 结论:2017—2020年度济宁市BV系和BY系乙型流感病毒均发生了数个抗原位点变异,出现了抗原转变,可能是引起乙型流感暴发的原因。
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编辑人员丨6天前
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Omicron变异株流行期间新生儿新型冠状病毒感染的影响因素:多中心回顾性研究
编辑人员丨6天前
目的:分析新型冠状病毒(简称新冠病毒)Omicron变异株流行期间母婴感染的临床特征、母亲及围产因素对新生儿新冠病毒感染的影响。方法:回顾性分析2022年12月7日至2023年1月7日深圳新生儿数据协作网中27家医院收治的687例新冠病毒核酸和/或抗原阳性母亲及其分娩新生儿中完善核酸和/或抗原检测的697例新生儿的临床资料,根据新生儿检测结果,分为感染组( n=110)及未感染组( n=587),采用Mann-Whitney U检验、 χ 2检验或Fisher精确概率法及二元logistic回归分析对母婴临床症状、母亲及围产期因素与新生儿新冠病毒感染的关系进行分析。 结果:697例完善核酸和/或抗原检测的新生儿中,有110例(15.8%)感染以发热为主要临床表现,其中无症状感染58例(52.7%)、轻型38例(34.5%)、中型10例(8.2%)、重型3例(2.7%)及危重型1例(0.9%)。新冠病毒感染母亲在分娩时佩戴口罩以及出生后转新生儿科隔离,均能够降低新生儿出生后感染新冠病毒的风险[ OR值(95% CI)分别为0.449(0.244~0.828)和0.343(0.206~0.571)],其中母亲分娩后感染增加新生儿新冠病毒感染风险( OR=3.470,95% CI:1.958~6.150)。 结论:新生儿感染新冠病毒后以发热为主要临床表现,且临床以无症状及轻症为主,新冠病毒感染母亲分娩时佩戴口罩、新生儿生后转新生儿科隔离可能与新生儿新冠病毒感染率较低有关。
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编辑人员丨6天前
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癌胚抗原、红细胞分布宽度变异系数、红细胞分布宽度标准差和蛋白磷酸酶2A的癌性抑制因子在结直肠癌患者血清中的表达及临床意义
编辑人员丨6天前
目的:探讨结直肠癌(CRC)患者手术后血清中癌胚抗原(CEA)、红细胞分布宽度-变异系数(RDW-CV)、红细胞分布宽度-标准差(RDW-SD)和蛋白磷酸酶2A的癌性抑制因子(CIP2A)的表达及临床意义。方法:收集2012年1月至2013年12月接受手术的61例CRC患者的临床病理资料。根据ROC曲线分析,将CEA、RDW-CV、RDW-SD和CIP2A分为低和高组,以2.08、13.85、43.80和6.07为最佳截止值。使用Cox回归模型对CEA,RDW-CV,RDW-SD,CIP2A和生存率(OS)之间的相关性进行单变量和多变量分析。根据CRRC(CEA、RDW-CV、RDW-SD和CIP2A)的组合得分,将患者分为两组。使用Kaplan-Meier曲线来确定不同组的OS。最后,绘制ROC曲线来分析CEA、RDW-CV、RDW-SD、CIP2A和CRRC的预后评估效果。结果:Kaplan-Meier曲线分析显示,CEA>2.08 ng/ml、RDW-CV>13.85和RDW-SD>43.80的患者与OS差显著相关( P<0.05)。血清CIP2A水平低(≤6.07)患者的5-OS并不优于水平高(>6.07)的患者。与CRRC高分组(≥3)比较,CRRC低分组(≤2)的患者与较好的OS明显相关( P<0.05)。在多变量分析中,年龄、N期和M期都与OS相关。CRRC的曲线下面积(AUC)最大,表明CRRC的预后评估能力优于其他。 结论:CEA、RDW-CV、RDW-SD和CIP2A可能是诊断CRC的有用标志物;综合在一起具有更强诊断效果。
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编辑人员丨6天前
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近期狂犬病病毒街毒株的抗原变异
编辑人员丨6天前
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编辑人员丨6天前
