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目的 本研究利用GEO数据库中的RNA测序(RNA sequencing,RNA-seq)数据,筛选出对嗜酸性粒细胞型慢性鼻窦炎伴鼻息肉(eosinophilic chronic rhinosinusitis with nasal polyps,ECRSwNP)具有潜在诊断价值的基因.方法 共获得3个数据集数据,分别根据CST1和CLC基因的表达水平将样本分为ECRSwNP和非嗜酸性粒细胞型慢性鼻窦炎伴鼻息肉(nonECRSwNP)两组.使用R软件及算法建立ECRSwNP的诊断模型并检测其性能.结果 将每个数据集均分为两组GSE136825(ECRSwNP 7、nonECRSwNP 19),GSE72713(ECRSwNP 3、nonECRSwN 3),GSE179265(ECRSwNP 11、nonECRSwNP 2).基于支持向量机(support vector machine,SVM)算法构建的上调基因模型(ADH1C、CCL26、HRH1、NOS2)和下调基因模型(LCN2、MUC5B、PLAT、TMEM45A、XDH)的ECRSwNP诊断性能表现出色.结论 基于SVM模型鉴定出的基因可能成为无创诊断ECRSwNP的生物学标志物,也可能在ECRSwNP发病机制中扮演关键角色.

作者:黄雨晴;孟琛;廖健宏;闫冰;张罗;王成硕

来源:中国耳鼻咽喉头颈外科 2023 年 30卷 12期

知识库介绍

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作者:
黄雨晴;孟琛;廖健宏;闫冰;张罗;王成硕
来源:
中国耳鼻咽喉头颈外科 2023 年 30卷 12期
标签:
嗜酸细胞 鼻窦炎 基因组学 数据库 嗜酸性粒细胞型慢性鼻窦炎伴鼻息肉 非嗜酸性粒细胞型慢性鼻窦炎伴鼻息肉 转录组学 GEO数据库 诊断模型 Eosinophils Sinusitis Genomics Database eosinophilic chronic rhinosinusitis with nasal polyps non-eosinophilic chronic rhinosinusitis with nasal polyps transcriptomics GEO database diagnostic model
目的 本研究利用GEO数据库中的RNA测序(RNA sequencing,RNA-seq)数据,筛选出对嗜酸性粒细胞型慢性鼻窦炎伴鼻息肉(eosinophilic chronic rhinosinusitis with nasal polyps,ECRSwNP)具有潜在诊断价值的基因.方法 共获得3个数据集数据,分别根据CST1和CLC基因的表达水平将样本分为ECRSwNP和非嗜酸性粒细胞型慢性鼻窦炎伴鼻息肉(nonECRSwNP)两组.使用R软件及算法建立ECRSwNP的诊断模型并检测其性能.结果 将每个数据集均分为两组GSE136825(ECRSwNP 7、nonECRSwNP 19),GSE72713(ECRSwNP 3、nonECRSwN 3),GSE179265(ECRSwNP 11、nonECRSwNP 2).基于支持向量机(support vector machine,SVM)算法构建的上调基因模型(ADH1C、CCL26、HRH1、NOS2)和下调基因模型(LCN2、MUC5B、PLAT、TMEM45A、XDH)的ECRSwNP诊断性能表现出色.结论 基于SVM模型鉴定出的基因可能成为无创诊断ECRSwNP的生物学标志物,也可能在ECRSwNP发病机制中扮演关键角色.

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