目的 筛选狼疮性肾炎(LN)患者肾组织中差异表达基因(DEGs)并对其进行功能分析.方法 GSE32591和GSE112943数据集分别包括LN肾小管间质、LN肾小球、LN肾组织及其各自的正常对照组织的转录组数据;GSE81622包含LN患者及健康对照者外周血单个核细胞(PBMC)转录组数据.利用GEO2R在线分析工具筛选DEGs.利用DAVID对筛选的DEGs进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析.利用STRING数据库进行蛋白互作网络(PPI)分析,并筛选核心DEGs.分析LN肾组织中核心DEGs在LN患者PBMC中的表达变化情况.结果 LN肾组织中共筛选出37个表达上调基因和8个表达下调基因.GO分析显示,DEGs主要参与和病毒防御相关的生物过程,如病毒的响应、Ⅰ型干扰素信号通路等,分子功能包括RNA结合、GTP结合及解旋酶活性等.KEGG通路分析显示DEGs主要参与病毒感染相关通路.PPI分析筛选出12个核心DEGs:EGR1、FOSB、IFI27、IFI6、IFIT2、IFIT3、IFITM1、IF-ITM3、MX1、MX2、OAS1、XAF1,其中除EGR1表达下调外(P<0.01),其余DEGs均表达升高(P<0.01).然而,在LN的PBMC中,EGR1表达上调(P<0.01),FOSB和IFITM1的表达变化差异无统计学意义(P>0.05),其他9个核心DEGs表达上调(P<0.01),与在LN肾组织中变化一致.结论 LN患者肾组织中关键DEGs主要与干
作者:郭文涛;刘瑛琦;王希;郜赵伟;李锐成
来源:国际检验医学杂志 2024 年 45卷 5期