目的:通过基因表达谱(GEO)数据库和癌症基因组图谱(TCGA)数据库筛选儿童低级别胶质瘤(LGG)的预后显著差异基因,为寻找儿童LGG预后生物标志物提供参考.方法:从GEO、TCGA数据库下载儿童LGG全基因组表达谱数据,筛选出儿童LGG差异表达基因.应用R语言进行基因GO、KEGG富集分析,绘制蛋白质间互作网络图,获取核心基因.采用单因素、多因素cox回归模型筛选与预后相关的显著差异基因.TISIDB数据库进行显著差异基因的生存分析,在线数据库GEPIA验证显著差异基因的表达.结果:GEO查找到一个数据集(GSE60898),TCGA获得174个样本数据.GEO数据库筛选出6 146个差异基因,TCGA数据库筛选出24 176个差异基因,GEO和TCGA两个数据库得到出共同表达的上调差异基因51个,下调差异基因20个.差异共表达的基因主要富集在粘着斑、ECM受体相互通路等信号通路.COX回归模型筛选出预后显著差异基因4个,分别是脂肪细胞增强子结合蛋白1(AEBP1)、纤溶酶原激活物抑制剂-1(SERPINA1)、胰岛素样生长因子结合蛋白2(IGFBP2)和维甲酸受体应答2(RARRES2).预后分析结果表明显著差异基因与LGG的预后具有相关性(P＜0.05),AEBP1、GFBP2、SERPINA1在肿瘤组织中高表达,在正常组织中低表达(P＜0.05),而RARRES2在正常组织中低表达,在肿瘤组织中高表达(P＜0.05).
作者：刘秋红；蒋玉婷；唐玉兰；韦昌强；蓝岚
来源：广西医科大学学报 2021 年 38卷 5期
