目的 应用生物信息学方法筛选和分析胃癌预后基因.方法 从GEO数据库中下载胃癌基因芯片数据集GSE54129、GSE81948、GSE118916,使用在线分析工具GEO2R筛选出差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs).利用在线数据库DAVID对筛选的DEGs进行功能和通路富集分析.然后使用在线网站STRING和Cytoscape软件对DEGs构建蛋白互作网络,并筛选hub基因.最后使用Kaplan Meier-Plotter和GEPIA在线数据库对hub基因进行生存和表达水平分析.结果本研究共发现362个总DEGs,包含164个上调基因,192个下调基因.通过GO功能富集分析,发现DEGs主要富集在细胞外基质和胶原蛋白.KEGG富集通路分析显示,DEGs主要参与的信号通路包括ECM-受体相互作用、阿米巴病、蛋白质的消化和吸收、局部黏附和PI3 K-Akt信号通路.CytoHubba插件共筛选出10个DEGs作为hub基因,通过Kaplan Meier-Plotter数据库验证这10个hub基因,发现COL1A1、COL3A1、FN1、MMP2、COL5A1、BGN、COL4A1、COL4A2和COL6A3这9个基因和胃癌预后相关,并且高表达组预后差(P<0.05);GEPIA数据库发现这9个与胃癌预后相关的基因在胃癌组织中均呈高表达水平(P<0.05).结论 通过生物信息学方法,本研究发现了 9 个胃癌预后基因,其中 BGN、COL3A1 和 COL5A1 这 3 个基因可能成为胃癌

作者：程晓成；李凡；肖竞英；焦作义

来源：医学研究杂志 2020 年 49卷 12期