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目的 通过生物信息学研究梗阻性无精子症(OA)和非梗阻性无精子症(NOA)患者的睾丸组织差异基因的表达,为NOA的诊断提供新的标志物.方法 从基因表达综合数据库(GEO)下载无精子症相关基因的芯片数据(GSE45885和GSE9210)并进行GEO2R在线分析,得出NOA相关的差异表达基因(DEGs),利用韦恩图取交集,确定共同DEGs.使用R软件进行DEGs的GO注释和KEGG富集分析.应用STRING构建DEGs相关的蛋白质互作网络(PPI).再利用Cytoscape软件筛选出NOA的最显著的枢纽(Hub)基因,并对其进行可视化处理.采用ROC曲线判断Hub基因对NOA的诊断价值,并在GSE145467数据集进行验证.结果 经筛选共得到83个DEGs,其中78个下调,5个上调.GO富集分析显示DEGs参与的生物过程(BP)有生精细胞的发育和分化、运动纤毛的组装等;细胞组成(CC)主要包括精子鞭毛、运动纤毛、顶体泡、生精细胞核等;分子功能(MF)主要有赋予细胞外基质抗压能力的结构成分、蛋白质结合、热休克蛋白的结合等.KEGG相关通路涉及多个物种长寿调控途径、细胞周期和凋亡、精母细胞的减数分裂等.PPI网络筛选出NOA密切相关的5个Hub基因分别为SPAG5、CCNB2、AURKC、NCAPH、PTTG1.ROC 曲线显示 5 个 Hub 基因均是 NOA 潜在生物标志物.结论 SPAG5、CCNB2、AU-RKC、NCAPH、PTTG1基因可能在NOA

作者:李伟伟;殷秀荣;闫娅妮;刘海飞;胡悦

来源:临床检验杂志 2023 年 41卷 10期

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作者:
李伟伟;殷秀荣;闫娅妮;刘海飞;胡悦
来源:
临床检验杂志 2023 年 41卷 10期
标签:
非梗阻性无精子症 基因表达综合数据库 枢纽基因 差异表达基因 生物标志物 non-obstructive azoospermia gene expression comprehensive database Hub gene differentially expressed gene biomar-ker
目的 通过生物信息学研究梗阻性无精子症(OA)和非梗阻性无精子症(NOA)患者的睾丸组织差异基因的表达,为NOA的诊断提供新的标志物.方法 从基因表达综合数据库(GEO)下载无精子症相关基因的芯片数据(GSE45885和GSE9210)并进行GEO2R在线分析,得出NOA相关的差异表达基因(DEGs),利用韦恩图取交集,确定共同DEGs.使用R软件进行DEGs的GO注释和KEGG富集分析.应用STRING构建DEGs相关的蛋白质互作网络(PPI).再利用Cytoscape软件筛选出NOA的最显著的枢纽(Hub)基因,并对其进行可视化处理.采用ROC曲线判断Hub基因对NOA的诊断价值,并在GSE145467数据集进行验证.结果 经筛选共得到83个DEGs,其中78个下调,5个上调.GO富集分析显示DEGs参与的生物过程(BP)有生精细胞的发育和分化、运动纤毛的组装等;细胞组成(CC)主要包括精子鞭毛、运动纤毛、顶体泡、生精细胞核等;分子功能(MF)主要有赋予细胞外基质抗压能力的结构成分、蛋白质结合、热休克蛋白的结合等.KEGG相关通路涉及多个物种长寿调控途径、细胞周期和凋亡、精母细胞的减数分裂等.PPI网络筛选出NOA密切相关的5个Hub基因分别为SPAG5、CCNB2、AURKC、NCAPH、PTTG1.ROC 曲线显示 5 个 Hub 基因均是 NOA 潜在生物标志物.结论 SPAG5、CCNB2、AU-RKC、NCAPH、PTTG1基因可能在NOA

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